(1)根據不同的適用稅率扣除項目金額。例如，通過審核“原材料”、“庫存商品”、“低值易耗品”、“包裝物”等賬戶，統計適用基本稅率的項目的年度累計借方發生額；通過查“生產成本-基本生產(輔助生產)”的賬，得出水、電、氣的年成本金額；通過審核“產品銷售費用”賬戶，可以得出企業發生的運輸費用金額。
(2)計算當期最大扣稅金額。將上述統計金額分別乘以適用稅率，計算當期最高可抵扣稅額；加上“待攤費用-期初進項稅額”轉出的進項稅額和當前申報人庫內已繳納的增值稅，應大致等於本期“應交稅費-應交增值稅”的累計借方發生額。
(3)對比結果，分析原因。如果上述計算結果小於“應交稅金-應交增值稅(進項稅額)”科目的借方發生額，說明企業可能存在多計進項稅額的可能性，應重點詳細檢查。如果上述計算結果大於“應交稅金-應交增值稅(進項稅)”科目的借方發生額，說明企業可能發生了購進貨物而未取得專用發票或其他類似情況，應進壹步分析原因，看是否影響增值稅的計算。例如，設法查明企業是否有任何重大的不征稅項目:
①對財務報表進行相關分析。從資產負債表中分析在建工程和固定資產的變動情況，是否有在建工程和待處理的財產損失項目。
(2)產品品種和用途分析。檢查被檢查企業是否有免稅產品；如果生產的產品是生活用品，是否有可能發放給員工；產品是否銷售給出口產品。
(3)經營項目分析，檢查企業是否經營非應稅項目，如裝修、房地產等。
總之，要進行多種形式的對比分析，找出可能存在的問題，有目的、有重點地進行細致的檢查。
2.進項稅抵扣的合法性檢查
(1)專用發票查驗
(1)審查是否存在未取得合法憑證的扣款行為。需要逐壹審核進項稅憑證，檢查是否存在未取得合法憑證而實際抵扣的情況。是否有復印件或傳真代替原件進行實際扣除等。
(2)審查是否存在用錯誤法律文書扣款的情況。抽查進項稅發票，核實納稅人登記號是否壹致、印章是否齊全、銀行和賬號是否壹致、金額是否被塗改。凡上述要素有誤的專用發票，不得實際抵扣，也不得在購貨單位與付款單位不壹致時抵扣。
(3)審核是否存在代開或虛開專用發票。逐壹審核專用發票，壹是辨別發票真偽；-發現投入已大於產出，或固定往來單位經常開大額專用發票且開票單位與實際付款單位不壹致等線索時，應核對專用發票、銀行單據、實際采購數量等。，確認是否有專用發票，假的。
(2)經濟業務事項檢查。由於進項稅額是隨著企業采購業務的發生而流入企業的，因此應重點檢查與外包項目相關的原材料、庫存商品、低值易耗品、包裝材料、制造費用等科目所反映的經濟業務是否真實，金額是否正確，是否有專用發票作為扣稅憑證。
(1)檢查相關科目的借方發生額，以確定采購業務事項是否真實。可以通過企業正常的采購和消費水平進行判斷，並查閱會計憑證和原始資料，檢查付款方式、是否已付款、付款對象、取得的專用發票等。，找出疑點，查清楚。如有必要，我們可以通過信函、實地調查等方式進壹步核實事實。
(2)檢查相關科目的借方金額是否屬於本科目，固定資產是否記入“原材料”科目，或者將購入的固定資產金額拆零記入“低值易耗品”科目，以達到抵扣進項稅額的目的。檢查時，可以選擇部分采購金額和數量較大或者與正常采購業務相比波動較大的業務，調閱原始憑證，核查內控制度執行情況，重點審查采購商品取得的專用發票內容。根據所填貨物的名稱和單位，按照財務制度的規定，核對是否確實屬於“原材料”或“低值易耗品”。
③檢查購進貨物和應稅勞務是否用於非應稅項目。考察時，可以從企業經營的實際情況和所購商品的用途來推斷。如服裝生產企業“原材料”科目記錄的材料為鋼材、水泥；鋼鐵生產廠的購入記入“原材料”科目，如大米。這些情況可以判定為免稅消費。檢查中還應特別註意商業零售企業開具的專用發票，檢查是否屬於企業購買的生活資料。如果它們是真的，就不能從稅收中扣除。
3.非專用發票扣稅檢查。免稅的農產品、運輸費用和購買廢舊物資的進項稅抵扣可以用普通發票執行，檢查時要註意。
(1)審核允許扣除計算的範圍。免稅農產品範圍參照《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於調整農產品增值稅稅率和免征部分項目增值稅的通知》，審核扣稅項目是否屬於免稅農產品，采購對象是否為農戶生產的農產品、農業免稅單位和小規模納稅人銷售的農產品。檢查運輸費用是否屬於企業預付運費，不記入銷售。如果是真的，就不能扣除；此外，購買或銷售免稅商品、外購固定資產的運費也不能扣除。
(2)審核計算扣稅的憑證是否合法。收購農民自產的農產品應使用稅務機關批準的統壹收購憑證；小規模納稅人應提供普通發票；農業稅免稅單位應提供由當地財政部門印制的統壹格式的收據和農業特產稅繳款書，並加蓋中華人民共和國國家稅務總局監制的發票印章；運費結算憑證是指國有鐵路、民航、公路、水運單位開具的運費票證，非國有運輸單位從事貨物運輸開具的加蓋全國統壹發票監制章的運費票證。
(3)檢查扣稅金額的計算是否正確。首先要查看計算基數是否正確，註意企業是否在運輸費用中包含了手續費、保險費等雜費。其次，檢查適用的扣除率是否正確，註意運輸費用扣除率是否已按規定改為7%。
4.進項稅抵扣的檢查。按照規定:工業企業只能在進貨入庫後申報抵扣進項稅；商業企業只能在采購商品並付款後申報抵扣進項稅；購買應稅服務，應當在支付勞務費用後申報抵扣進項稅額。
檢查進項稅抵扣時間，可以從以下幾個方面入手:
(1)檢查外購商品的賬務處理是否有異常。例如，審計發現以下會計處理:
借:在途物料(物料采購)
借:應交稅費-應交增值稅(進項稅)
貸款:銀行存款(應付賬款)
可以判斷這是壹筆異常會計分錄，企業在貨物還沒有入庫之前就已經抵扣了進項稅。
(2)對於工業企業，要審核驗收入庫手續是否符合管理要求，核實貨物驗收收據，必要時進行實物盤點，確認企業是否在材料到手前抵扣了進項稅。
(3)對於商業企業，應結合外購商品的會計處理核實應付賬款明細科目，確認企業是否已抵扣未支付的進項稅額。
(4)對於以物易物、捐贈或投資的商品，應註意審查企業是否有具有法律效力的合同、章程、證書及有關部門的評估證明材料。
5.進項稅轉出檢查
(1)異常損失檢查。所謂非正常損失，是指生產經營過程中的非正常損失，包括自然災害損失、因管理不善被盜貨物、黴變等非正常損失。企業購進貨物或應稅勞務發生的非正常損失，在產品和產成品的消耗，不得按規定抵扣進項稅額。非正常損失壹般發生在采購、生產、儲存、銷售四個環節。
對非正常損失的檢查應從以下幾個方面進行:
①確認是否有正常損耗。
首先，分析會計報表。先查看資產負債表中的“待處理財產損益”項目，並調閱相關憑證，進壹步核實是流動資產損失還是固定資產損失，因為只有流動資產損失才可能涉及增值稅的調整；2.查看損益表。如果發現報表中“營業外支出”的金額比較大，就要查看憑證，看有沒有超出正常損失的項目。
其次，分析財務指標。有些納稅人，非正常損失後，不通過“待處理財產性損益”的核算，直接增加當期生產或銷售成本，導致每月成本高，毛利率低。檢查時，可以通過對比分析，檢查納稅人在檢查期間銷售的貨物的平均單位成本是否高於壹般水平。如果在沒有合理解釋的情況下被確定為較高，則意味著納稅人可能隱瞞了非正常損失。這時要重點檢查原材料、產成品、生產成本等科目的貸方發生額，通過貸方發生額的具體內容判斷企業是否自行消化了非正常損失項目。
第三，分析存貨呆滯量。查看存貨明細賬，查明企業部分品種外購商品、原材料、產成品存在多年持續結轉上年且金額未發生變化的呆滯金額；對數量少、金額大的品種進行抽樣實物盤點，了解是否名存實亡；然後核實存貨的短缺，對售出部分實現銷項稅，對損失部分進行進項稅轉移。
最後，分析債權補償。壹些非正常的損失，應該由其他單位或者個人承擔，如果雙方協商壹致，對方會做出壹定的補償。簽訂的補償協議內容能夠反映非正常員工流失的真實情況；如果雙方協商不成，可能發生經濟訴訟，訴訟材料也會反映非正常損失的真實情況；此外，自然災害等原因造成的損失，也可以通過對企業存貨損失的詳細調查，以及保險公司做出的賠償金額來充分確認。
(2)檢查非正常損失是否已從進項稅額中轉出。企業的損失確認後，如果財務會計已經做了賬務處理，可以通過“待處理財產損益”科目的借方發生額，閱讀會計憑證，查看其賬務處理。如果待處理的財產損益科目借方發生額對應關系為:原材料、低值易耗品、包裝材料、產成品、生產成本貸記，同時，應交稅費-應交增值稅(進項稅轉出)貸記，則說明被調查企業已轉出進項稅。如果上述對應關系中沒有“應交稅費-應交增值稅(進項稅轉出)”，則表示有進項稅未轉出，應進行調整。同理，如果企業決策層在查明企業虧損原因後，批準直接記入“營業外支出”科目，也要用同樣的方法核對“營業外支出”科目借方發生額的對應關系，如果沒有，就要進行調整。
企業的非正常損失沒有按照會計制度及時正確核算的，應分別損失項目的具體情況進行分析處理，同時將進項稅額分別記入原材料、生產成本和產成品賬戶。
③檢查“進項稅轉出”金額是否正確。檢查計稅依據是否正確；註意貨物損壞的具體時間，查看是否有延遲轉移的情況；檢查計算方法是否正確，是否人為減少材料消耗項目，進而減少進項稅。
(2)企業采購的貨物用於檢驗非稅目和免稅項目。
①審核“原材料”:賬戶的貸方，確定原材料的用途。可以查看相關原始憑證，查看原材料貸方金額對應的借方科目是否為其他業務費用、生產成本-基本生產-X免稅產品、在建工程、應付福利費等。如果是，則在貸記“原材料”科目的同時，進壹步檢查相應的進項稅額是否已經轉出。那些沒有被處理的應該被糾正。
②檢查“營業外支出”、“其他應收款”、“生產成本”、“應付福利費”等科目的借方，判斷是否存在原材料直接以不含稅價格轉移而不減少的現象。
③免稅項目和應稅項目的消費不能分別核算的，按銷售收入比例分攤進項稅額，即不能抵扣的進項稅額按以下公式計算:
不可抵扣進項稅額=當月進項稅額合計×(當月免稅項目銷售額和非應稅項目營業額合計)÷當月銷售營業額合計。
如果納稅人月度購銷不平衡，根據上述公式不能抵扣的進項稅額不真實，稅務機關可以采取年度清算的方法，即在年度終了時，根據當年的相關數據計算當年不能抵扣的進項稅額，並對月度計算數據進行調整。這時候就要審核企業是否在年末根據全年銷售收入的比例調整分配比例。
(3)檢查企業返還或折價收回增值稅的情況。稅務人員可以直接從采購退回的紅字中追蹤進項稅是否抵扣。此外，在買方退貨時，當地稅務機關必須提供銷售回籠證明或折扣請求證明，以下簡稱證明。檢查時，可要求被檢查企業提供憑證存根，檢查退回貨物的數量、價格、稅額是否與賬面記載的數量、金額、稅額壹致，是否有人轉出延期進項稅額。檢查企業是否存在利用現行購置稅抵扣法大量采購商品或虛增當期進項稅額，進而延繳退貨到期增值稅的行為。這壹點可以通過資金流向和供應商所在單位的情況來驗證。
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