藥品零售業面臨沖擊，然而“幾家歡喜幾家愁”，藥品零差率銷售推行範圍的不斷擴大，將給藥品零售行業帶來更加嚴峻的挑戰。新醫改政策扶持的基層醫療機構同零售藥店將呈現出直接競爭態勢，社區衛生機構藥品“零差率”有政府作後盾，價格有壹定優勢，藥店客源進壹步分流已成為不爭事實。中國醫藥商業協會副會長朱長浩表示，藥店應該在經營上進行適當調整，如改變價格策略、更新商品結構等。做到“人無我有，人有我優，人優我新”，從而與醫療機構形成差異化競爭。作為國務院醫療體制改革的專家之壹，北京大學劉國恩教授則對“零差率”充滿質疑。在他看來，“零差率”配送雖然降低了藥品價格，但這是在損害藥品生產、流通效率為代價基礎上進行的，扭曲了市場自身規律，很難持續發展。
“零差率”任重道遠，然而，在試點城市地區推行的“零差率”政策，在真實降低患者藥價的同時，也暴露出種種問題。根據北大中國醫藥經濟研究中心的研究表明：政府統壹招標采購的“零差率”配送藥品，達到了社區醫療服務機構藥品總量的80%到90%，藥品價格比醫院零售價格降低40%左右。“零差率”能夠在壹定程度上緩解患者看病貴的問題，降低了醫療費用的重要組成部分藥品費用，減輕了醫生開大處方的激勵，降低了常用藥品價格和次均處方費用，但在吸引社區居民就診效果上並不明顯。社區衛生服務機構如單純靠藥品價格，而不改變機構的配套措施和補償機制，無法徹底改變老百姓的觀念，就無法實現“小病到社區，康復回社區”的思路。並且“零差率”配送必須與社區機構收支兩條線政策同時實施，但後者的最大弊端是損害醫務人員的工作積極性。
此外，由於實行“零差率”，減少的藥品收入需要政府補償。因此，該政策對於地方政府的財力是極大的考驗。根據北京市衛生局副局長梁萬年近日透露，北京市政府為實行“零差率”投入補貼大約2億多元。由此推算，“零差率”銷售要在全國推廣，恐怕困難重重。衛生部發言人毛群安在衛生部新聞發布會上也曾公開表示，僅僅依靠降低壹些藥品價格的辦法已經無法達到降低老百姓購買藥品所支付費用的作用。由此可見，要從根本上扭轉當前“以藥養醫”的狀況，解決老百姓吃藥貴問題，試點實行藥品“零差率”，還只是為全國性的醫改探路的第壹步。