1995年Caplan教授從惡性血液病患者骨髓抽取並分離培養出這些貼壁的基質細胞，然後回輸到患者體內，觀察臨床效果並證明這些基質的安全性。這是壹個足以載入史冊的研究，是間充質幹細胞研究史上的第壹個裏程碑式的事件，使間充質幹細胞的研究從實驗室跨入到實際的臨床應用。
第二個裏程碑式事件是1999年Pittenger等在science發表文章，首次證明間充質幹細胞具有多向分化能力，能分化為脂肪細胞、成骨細胞、軟骨細胞。這個研究成果激發了眾多研究者對間充質幹細胞的分化潛能的研究，比如分化為肝細胞、神經細胞、胰島β細胞、血管內皮細胞等。
第三個裏程碑式事件在於2002年發現了間充質幹細胞有強大的免疫抑制能力。隨後發現MSC本身具有低免疫原性，即使異體或跨種屬使用，均難於引起免疫排斥反應。動物實驗和臨床研究發現間充質幹細胞能促進調節性T淋巴細胞的增殖，使得免疫系統恢復免疫平衡狀態。間充質幹細胞的這些免疫特性，非常有利於用於治療免疫性疾病，包括移植排斥反應和自身免疫性疾病。
第四個裏程碑式事件在於定義標準的統壹。2006年國際細胞治療協和（ISCT）統壹了間充質幹細胞的定義（也是鑒定標準），使得間充質幹細胞有了全球範圍的最低鑒定標準。只有同時符合這些標準的細胞，才能稱之為間充質幹細胞。這個定義包括三方面的內容：①，貼壁生長；②，細胞表面表達壹些特異性抗原（標記物）；③具有向脂肪細胞、成骨細胞、軟骨細胞分化的能力。
間充質幹細胞成為藥品上市為第五個裏程碑式事件。2012年Osiris公司申報MSC作為藥品上市得到加拿大FDA的批準，適應癥為兒童急性激素抵抗的移植物抗宿主病（GVHD），隨後適應癥擴大為成年人GVHD，並在新西蘭、瑞士等國上市。MSC的臨床應用達到壹個歷史性高度！雖然韓國在2011年就已經批準間充質幹細胞作為藥物上市，但由於韓國曾經出過壹個很著名的幹細胞學術醜聞，導致幹細胞行業名譽受損，故不把韓國2011年的幹細胞藥物視為全球第壹個幹細胞藥物。
總之，間充質幹細胞被各國政府批準為幹細胞藥物上市，就是對間充質幹細胞安全性和有效性的認可。上市，並不意味著對間充質幹細胞研究的終止，反而是壹種激勵和推動，鼓舞著眾多學者加深對間充質幹細胞本身的研究和治療疑難雜癥的臨床研究，更好地造福患者。