醫院先後被衛生部、教育部表彰為全國學生常見病綜合防治先進集體，被衛生部表彰為全國結核病防治先進集體，被市政府表彰為全市抗擊非典工作先進單位。抗擊非典工作先進單位 "等榮譽，連續多年被評為市級文明單位，疾控工作多年來保持在全市前列，2006年排名全市第壹。
1.辦公室。辦公室：行政事務、黨群人事、精神文明和行風建設、文秘、工資職稱、科室考核、車輛管理、衛生信息和圖片音像資料管理、中心網站管理、軟件系統維護管理；財務、成本核算、門診收費管理。
2、行政科：後勤總務、安全衛生、文印、網絡及硬件維護管理、物資、藥品及生物制品管理。
3、項目管理辦公室（簡稱 "項目辦"）：項目引進、項目洽談、項目組織實施、項目評估總結；項目資金預算、項目資金收支管理與監督、項目資金決算與分析。
4、綜合防治科（綜合業務辦公室）：綜合業務管理與質量管理、科研與繼續教育、績效考核、疾控綜合信息、醫學情報與信息、項目技術與考核管理、農村基本公共****、衛生服務項目管理、寄生蟲與地方病、圖書檔案管理、預防醫學會、衛計委中心綜合協調。
5、衛生應急辦公室（簡稱 "應急辦"，下設：疫情值班室、應急物資倉庫）：負責公共****、突發衛生事件的組織、指揮、協調；對各類應急準備工作進行指導和監督。