學校堅持規模、結構、質量、效益協調發展，辦學水平不斷上升。學校的定位是建設特色鮮明、國內水平先進的教學研究型醫科大學。2006年6月5438日至10月，學校成功舉辦了以“人文、學術、創新”為主題的80周年校慶，成立了校董會和校友會。學校確立了現代著名教育家蔡元培先生的題詞“學會實踐，培養好醫生”作為新的校訓。在80年歷史傳承的基礎上，提煉出辦學的傳統和理念。育人的方針是“德智體美，全面發展；醫德醫術，至善至美”，育人理念是“興國、仁愛、博學、求精”，育人方式是“人文與醫學融合、傳統與現代融合、學行合壹”。目前，全校形成了“求真、求實、創新”的校風，成為支撐和推動學校發展的強大動力。學校目前設有基礎醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院(安徽省口腔醫院)、衛生管理學院、護理學院、藥學院、研究生院、成人教育學院(繼續教育學院)、臨床醫學院、第壹臨床學院(第壹附屬醫院)、省臨床學院(附屬省醫院)、第二臨床學院(附屬第二醫院，在建)、第三臨床學院(附屬合肥市第壹人民醫院)、人文社科學院、公共課部、醫學檢驗科、醫學影像科、麻醉科、醫學心理科、醫美科。有77個教研室和22個教學實驗室。
學校有第壹附屬醫院、省附屬醫院、合肥市第壹人民醫院、安徽省口腔醫院、安徽省安慶醫院、第四臨床學院(合肥市第二人民醫院)、第五臨床學院(六安市人民醫院)、杭州臨床學院(杭州市第三人民醫院)、解放軍臨床學院(解放軍醫院105)、精神衛生臨床學院。杭州臨床學院(杭州市第三人民醫院)、滁州臨床學院(滁州市第壹人民醫院)、山東皮膚病臨床學院等30余家臨床教學實習醫院；預防醫學、健康管理等專業實踐教學基地40多個；分布在本省各市和北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東等省市。
學校設有臨床醫學(七年制)和臨床醫學(五年制)、臨床醫學(臨床病理學)、臨床醫學(精神衛生)、中醫、衛生檢驗、口腔醫學、預防醫學、基礎醫學、生物技術、麻醉學、醫學影像學、醫學檢驗、護理學、婦幼保健、健康管理、醫療保險、醫學信息與計算機應用、全科醫學。有臨床醫學和護理兩個三年制專業(方向)。設立了藥理學、皮膚性病學、老年醫學、流行病學與衛生統計學、免疫學、內科、神經病學、兒童與青少年健康、婦幼保健等8個博士學位授權學科和64個碩士學位授權學科(其中包括5個碩士學位授權壹級學科)，擁有臨床醫學碩士學位和公共衛生碩士學位(MPH)授予權。設有藥學、臨床醫學、公共衛生、預防醫學3個博士後科研工作站。擁有皮膚性病學、藥理學、老年醫學、流行病學與衛生統計學、病原生物學、外科學(普外科)、內科(消化系統疾病)等7個省級重點學科；臨床醫學省級重點學科20個，臨床醫學省級重點支持學科7個；2個省級重點實驗室(安徽省基因研究重點實驗室和安徽省分子醫學重點實驗室)為國家藥物臨床研究基地。建立了教育部重要遺傳病遺傳資源利用重點實驗室和安徽省醫學實驗動物中心。