1，法律效力不同。《食品流通許可證》已經註銷，沒有法律效力。《食品經營許可證》為現行許可證。
2.不同的管理部門。食品流通許可證最早由工商部門管理，而食品經營許可證則由食品藥品監管部門管理。
3.不同的營業執照。辦理營業執照後可以辦理食品流通許可證，辦理營業執照前必須辦理食品經營許可證。本質上沒有區別。
《食品流通許可證》明確了食品衛生許可證的發放、條件、程序以及與食品衛生許可證的銜接等問題。但食品藥品監督管理局發布的《食品經營許可管理辦法》已於2015年10月1日生效，流通許可已廢止。也就是說，食品經營許可證取代了流通許可證。現在食品餐飲，只需要食品經營許可證。2015 10 1食品藥品監督管理局發布的《食品經營許可管理辦法》正式實施，食品流通許可和餐飲許可合並為食品經營許可，這意味著食品經營許可取代了食品流通許可。市場上沒有食品流通許可證。
法律依據:《食品經營許可管理辦法》第十二條向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料:
(壹)食品經營許可證申請書；
(二)營業執照復印件或其他資質證明文件；
(三)與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作規程等文件；
(四)食品安全自檢、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處理等保障食品安全的規章制度。
使用自動售貨設備銷售食品的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體位置、經營者的名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方式等材料。