組織實施化妝品有關法規、規章；承擔化妝品監督管理工作；負責化妝品行政許可相關事宜；依授權承擔進口非特殊用途化妝品行政許可工作；組織開展化妝品不良反應監測、再評價。
機關黨委。負責機關及所屬事業單位的黨群工作；機關黨委下設辦公室（正處級），承擔具體工作。
離退休人員工作處。負責機關離退休人員管理工作，指導所屬事業單位和區縣（自治縣）食品藥品監督管理分局的離退休人員管理工作。
直屬單位重慶市藥品監督稽查總隊
重慶市藥品監督稽查總隊 的宗旨是：為人民身體健康提供藥品監督稽查保障。主要職責是：根據有關法律法規監督檢查藥品和醫療器械研究、生產、經營、使用單位的藥品和醫療器械質量；受理違法違規案件的舉報，對違法行為提出處理意見，實施市食品藥品監督管理局的處罰決定；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
重慶市藥品技術評審認證中心
重慶市藥品技術評審認證中心的宗旨是：開展藥品技術評審認證，提高藥品質量。主要職責是：依法開展藥品研究、生產和經營等有關規範和規定的技術認證、評審；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
重慶市藥品不良反應監測中心
重慶市藥品不良反應監測中心（重慶藥物濫用監測研究中心）的宗旨是：為確保人體用藥安全有效提供藥品不良反應監測保障。主要職責是：藥品不良反應資料收集、管理和上報，藥品不良反應監測交流與合作；藥品不良反應監測方法研究，藥物濫用監測、研究；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
重慶醫療器械質量檢驗中心
重慶醫療器械質量檢驗中心的宗旨是：為保證醫療器械質量提供檢驗保障。主要職責是：授權範圍醫療器械質量監督檢驗，醫療器械質量仲裁檢驗與鑒定，醫療器械產品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
重慶市藥品檢驗所
重慶市藥品檢驗所的宗旨是：為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是：授權範圍藥品和藥品包裝材料質量監督檢驗，藥品質量仲裁檢驗與鑒定，藥品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；藥品檢驗方法與標準手段研究；藥品檢驗技術監督工作協調、指導；收集、整理、綜合上報和反饋藥品質量信息和分析報告;相關咨詢服務；承辦上級交辦的其它工作。
重慶醫藥科技學校
重慶市醫藥科技學校（重慶市食品藥品監督管理局教育培訓中心）的宗旨是：培養醫藥技術人才，促進醫藥事業發展。主要職責是：醫藥專業中專學歷教育，承辦全市食品藥品監督管理系統人員教育培訓，受委托開展相關技術、業務培訓，承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
中國藥業雜誌社
中國藥業雜誌社的宗旨是：刊載醫藥文章，促進醫藥事業發展。主要職責是：編輯、出版發行《中國藥業》雜誌，廣告，相關服務。
萬州藥檢所
重慶市萬州藥品檢驗所的宗旨是：為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是：管轄區域內授權範圍藥品質量監督檢驗，藥品質量仲裁檢驗與鑒定，藥品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
涪陵藥檢所
重慶市涪陵藥品檢驗所的宗旨是：為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是：管轄區域內授權範圍藥品質量監督檢驗，藥品質量仲裁檢驗與鑒定，藥品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
永川藥檢所
重慶市永川藥品檢驗所的宗旨是：為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是：管轄區域內授權範圍藥品質量監督檢驗，藥品質量仲裁檢驗與鑒定，藥品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
黔江藥檢所
重慶市黔江藥品檢驗所的宗旨是：為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是：管轄區域內授權範圍藥品質量監督檢驗，藥品質量仲裁檢驗與鑒定，藥品質量生產許可檢驗，相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦市食品藥品監督管理局交辦的其它工作。
領導信息
局長、黨組書記 陳蓉
副局長、黨組成員 馬琳
副局長、黨組成員 盧發其
副局長、黨組成員 石存玉
副局長、黨組成員 羅莉
市紀委駐局紀檢組長、黨組成員 趙勇
副巡視員 熊德華
工作動態
為深入宣傳貫徹藥品管理法律法規，全面提高藥品從業人員職業技能水平，促進醫藥產業健康發展，2013年7月16日至7月17日，石柱分局聯合市局培訓中心開展了2013年藥品從業人員技能培訓。
在培訓開班儀式上，分局副局長羅智勇強調，此次培訓旨在進壹步提高從業人員職業技能水平，規範藥品經營行為，要求參會人員務必高度重視、珍惜機會、認真學習。
此次培訓涉及全縣藥品零售企業90余名藥品從業人員，內容包括藥事管理與法規、藥學綜合知識與技能、常見病防治、藥品法律法規及藥物商品學等多個方面。培訓結束後，組織了閉卷理論考試和技能鑒定。
通過此次培訓，有效解決了我縣藥品從業人員專業知識欠缺、職業技能薄弱、上崗無資質等問題，在為社會培養實用性技術人才的同時，提高了我縣藥品經營管理水平，有效降低了藥品安全風險，保障了人民群眾用藥安全有效。