喹諾酮類抗生素
如可樂必妥、環丙沙星、拜復樂等。咖啡因屬於嘌呤類化合物，與喹諾酮類藥物同時服用時，會降低喹諾酮類藥物的消除率，導致茶堿中毒樣的癥狀。
骨質疏松治療藥
如鈣爾奇D、福善美、羅蓋全等。咖啡因減少人體對鈣質的吸收，引起骨質疏松。另外，咖啡因也會降低人體對阿侖膦酸鈉(骨再吸收抑制劑)60%的吸收率，致使人體的鈣質進壹步流失。
如舒樂安定、地西泮等。是作用於人體神經中樞的鎮靜催眠藥，而咖啡因能引起神經中樞的興奮，兩者作用完全相反。因此在服用上述藥品的同時最好不要喝咖啡。
甲狀腺激素藥
如優甲樂、甲狀腺素鈉等。根據2008年進行的壹項研究發現，如病人在服用甲狀腺素前或後不久喝了咖啡，藥物吸收效果會降低55%。而在臨床實際中也屢次發生患者由於喝咖啡導致甲狀腺素鈉減弱藥效的情況。
利尿藥
如呋塞米、螺內酯等。咖啡因可以促進腎臟的機能，有利尿作用，加速人體排出體內多余的'鈉離子。因此當服用利尿降壓藥時會引起效果的疊加，尤其是呋塞米等排鉀利尿劑，更是容易造成體內鈉離子的過度流失。
解熱鎮痛藥
如泰諾林、白加黑等。這些藥物中含有的解熱鎮痛藥成份會減少前列腺素合成，後者對胃黏膜有保護作用。而咖啡因則會刺激胃酸分泌，從而加重這些藥對於胃黏膜的刺激。嚴重時可引起胃燒灼感、胃出血、胃穿孔等危險。
其他
咖啡因可與維生素B1結合，因此補充B族維生素時盡量不要飲用咖啡;而服用避孕藥的婦女，咖啡因在體內的停留時間會比平常延長4小時左右，應該更註意其對機體的作用。