1、監管力度不夠
雖然我國雖然在2005年頒布了《互聯網藥品交易服務審批暫行規定》，但是實施方面狀況令人憂心。非法網上藥店泛濫，有調查顯示2007年我國179940個有藥品銷售嫌疑的中文網頁中，只有4個取得了交易服務資格證書。網上銷售假藥和處方藥的現象也普遍存在。
2、法律法規不夠健全
我國到現在為止頒布的相關法律法規，多為規範性文件，缺少法律文件，國家職能通過行政手段進行管理關於藥品監察管理辦法，違規處罰等方面較為欠缺。對藥品信息界定不清，使得網上眾多藥品有虛假誇大和不符合廣告管理規範的內容。
3、監管部門監管機制不全
因為網上銷售信息更新快，網上藥店更新快，動態信息是監管部門難以及時抓住的。所以這方面的管理機制是欠缺的。網上藥店是多個管理部門***同協作的結果。信息產業部門負責電子交易的政策指導、行業監管和協調，工商部門負責網絡經營手續的登記註冊和廣告，公安部門則監督交易安全和涉嫌犯罪的行為，另外還涉及到交通、郵政、金融、國家勞動和社會保障部等部門。雖然《互聯網站管理協調工作方案》中提出建立日常協調體制，但並沒有對互聯網藥品經營處置流程及各監管部門的詳細職責和權限進行規定。
4、其他網絡銷售支持手段不夠完善
網上藥店是需要多部門聯合應對，才能較好的完成，支持系統的缺乏，導致了網上藥店運營管理不規範風險加大。網上藥店的物流配送行為不規範，我國具有藥品配送資質的第三方物流並不多,網上藥店壹般沒有自己專業的配送機構,企業自建物流成本較高，從而導致配送不符合規定。電子醫藥商務人才和專業藥學人才缺乏，導致信息錯誤多。
完善網上藥店監管管理的應對策略
1、完善相關法律規範及行業指南
我國電子商務立法方面仍處於起步階段，存在較多不足，具體到醫藥電子商務部門，我國專門用於規範網上售藥服務的法律規範只有壹部規範性文件，而內容主要在申請審批方面，其他方面卻少有規定甚至存在空白。應制定合理完善的法律規範，涉及認證、網站要求、安全性和保密性、患者選擇保護、藥品供應、信息與建議、郵寄和運送藥品、外國處方記錄等多方面，全方位去進行規定。
2、加強行業的作用
在我國醫藥行業中，行業協會壹直沒有得到較好的發展，例如中國執業藥師協會在2003年已經成立，但還處於發展階段。網上藥店的監管中，目前面臨著行業自律嚴重缺失的問題。因此我國應當重視行業協會的建設和發展，充分發揮行業協會在網上藥店監管中的自律作用，與政府部門協作，將更好有效的管理網上藥店。
3、推行可靠的公眾認證系統
目前我國合法網上藥店網站上的主要標誌是“互聯網藥品交易服務資格證書”，對於普通消費者來說難以識別，且不法分子可以輕易偽造證書。因此可借鑒英國的“網上藥店標誌的計劃”，建立國家認證數據庫鏈接，方便公眾查找。
4、建立完整的監管體系
各部門之間各監管部門應該明確分工，並充分的溝通。除此之外還要加強人力資源建設，保證監管部門人力更上，保證各項工作實施。
5、加強公眾教育
我國目前對網上藥店的宣傳教育尚顯不足，應該及時更新信息方便消費者查詢、宣傳與網上售藥相關的政策法規、普及網上安全購藥知識；未及時發布虛假藥品信息及違法售藥的網站。提高公眾對待網上購藥的安全意識。
6、完善支持系統
網上藥店支持系統不夠完善，我們可以通過完善這些支持系統幫助網上藥店的合法合理。如物流系統，人才系統，支付系統等。