國家醫療保障局設下列內設機構：
（壹）辦公室。負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。
（二）規劃財務和法規司。組織擬訂醫療保障工作規劃。承擔機關和直屬單位預決算、機關財務、資產管理、內部審計工作，推進醫療保障信息化建設。組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴等工作。
（三）待遇保障司。擬訂醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。組織擬訂長期護理保險制度改革方案並組織實施。
（四）醫藥服務管理司。擬訂醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。擬訂定點醫藥機構醫保協議和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫保支付方式改革。組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。
（五）醫藥價格和招標采購司。擬訂藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策並組織實施，建立價格信息監測和信息發布制度。擬訂藥品、醫用耗材的招標采購、配送及結算管理政策並監督實施，推進招標采購平臺建設。
（六）基金監管司。擬訂醫療保障基金監督管理辦法並組織實施。建立健全醫療保障基金安全防控機制，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度。監督管理納入醫保支付範圍的醫療服務行為和醫療費用，規範醫保經辦業務，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
（七）機關黨委（人事司）。負責機關和在京直屬單位的黨群工作。承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。