當前水產養殖中苗種、漁藥、飼料等投入品在使用管理過程中仍存在以下主要問題，這些問題我們有以下註意事項。
投入品使用管理存在的主要問題1.苗種
(1)購買苗種時不查看賣家的苗種生產環境及苗種生產許可證。
(2)不向賣家索要苗種購買發票或收款收據等憑證。
(3)購買苗種前未向當地水生動物防疫檢疫部門送樣，進行藥物殘留、病毒等指標的檢測。
2.漁藥
(1) 購買漁藥時只顧壹股腦兒地買，不關註漁藥生產企業是否已經通過了獸藥GMP認證，不重視水質改良劑、微生態制劑等非藥品的來源和主要成分，不向賣家索要生產資質及購買憑證。
(2) 在漁藥使用過程中不合理、不規範、不按產品使用說明書執行用藥，存在著亂用藥、濫用藥、超範圍用藥、超劑量用藥的現象。
(3) 漁藥管理不規範。漁藥存放無專門獨立的倉庫，和其他農具、漁具混放，漁藥用完包裝袋亂扔。
3.飼料
(1) 購買飼料時未向賣家索要產品質量檢測報告和購買憑證。
(2) 在飼料投餵時未根據天氣、溫度、養殖水生動物發育情況計算投餵量和頻次，存在著飼料投餵過少或過量等問題，影響養殖水生動物的正常生長。
(3) 飼料存放無專門獨立倉庫，存放地未做防潮措施，和其他農具、漁具混放。
二、投入品使用管理的幾點建議1. 養殖主體在購買苗種、漁藥、飼料等投入品時，應主動向賣家索要企業工商營業執照、苗種生產許可證、漁藥生產資質、苗種及飼料產品檢測報告、購買發票或收款收據等材料。
2. 養殖主體在購買苗種時，可向當地水生動物防疫檢疫部門送樣，針對苗種進行藥物殘留、病毒等指標的檢測，以保證苗種的質量；購買漁藥時可向當地獸藥管理部門咨詢藥物的真實性和合法性，尤其是水質改良劑、微生態制劑等包裝袋上標註“非藥品”的藥物，並明確禁用漁藥清單，不得購買漁用藥物使用準則(NY?5071-2002)、農業部193號文件和560號公告中禁止使用的漁藥。
3. 養殖主體在使用管理漁藥、飼料等投入品時，應在養殖場內建立專門獨立的漁藥和飼料倉庫，保持倉庫環境的通風、幹燥、整潔，並制定漁藥和飼料使用管理制度且上墻，在養殖生產中應根據生產實際來用藥、投餌，不亂用藥、濫用藥、超範圍和超劑量用藥。
4. 養殖主體可向當地水產技術推廣部門咨詢無公害農產品管理方面的知識，將無公害管理制度、經驗與措施應用到養殖生產中，在提高養殖產品品質和質量的同時，為企業申報無公害產地打好基礎。