1、網上或窗口提交申請資料；
2、通過申請後，相關部門組織人員對經營場所進行現場核查；
3、現場審查後出具審核意見，並上報審核環節；
4、規定工作日後出具審批結論；
5、根據審批意見或結論，生成相應文書；
6、結果公示、送達，申報人領取處理結果文書。
網店食品經營許可條件：
1、申請人應當具有法人資格或者自然人資格；
2、有固定的經營場所和適宜的經營設施；
3、具有與經營的食品品種、數量相適應的技術人員和其他操作人員；
4、有必要的食品安全管理制度和食品安全操作規程；
5、有食品安全事故應急處理能力；
6、有符合國家食品安全標準的供貨商和進貨查驗記錄；
7、有保證食品安全的設施和條件，如冷藏、冷凍、防塵、防蟲、防鼠、防毒等設施；
8、有符合國家規定的食品質量檢驗設施或措施；
9、有符合國家規定的衛生管理制度。衛生管理制度符合國家規定。
綜上所述，網店食品經營許可流程包括提交申請資料、現場核查、提交審查意見、作出審批結論、生成文書、結果公示和領取文書處理結果等步驟。
法律依據：
《食品經營許可管理辦法》
第十二條
申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：
（壹）食品經營許可申請書；
（二）營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；
（三）與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作規程等文件；
（四）食品安全自查報告、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規定。
使用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體擺放位置、經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可公示辦法等材料。申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書和代理人的身份證明文件。