薄層色譜法對中藥化學成分的預檢可以根據各類成分的性質和熟悉的條件有針對性地進行。由於部分雜質在薄層上鋪層後即可分離，選擇性較高，可使預檢結果更加可靠。
薄層色譜法鑒定中藥材的化學成分，最好有標準樣品作***薄層色譜。如果用幾種溶劑鋪層，標準品與鑒定品的Rf值、斑點形狀和顏色完全相同，則可初步斷定為同壹化合物。但壹般需要進行化學反應或紅外光譜等方法的壹次儀器分析來檢驗。
探索薄層色譜柱分離的條件是實驗室的常規方法。在柱分離中，首先要考慮的是吸附劑和洗脫劑的選擇。在洗脫過程中，各組分被洗脫的順序，以及每份洗脫液中是單壹組分還是混合物，都可以通過薄層分離來判斷和檢查。薄層預分離還能讓人了解多組分樣品的組成和相對含量。如果發現薄層的分離條件令人滿意，則可將這些條件用於幹柱色譜。不過，也可以通過與薄層洗脫相同的方式，將薄層的分離條件改為制備柱分離。在使用薄層預分離尋找色譜柱洗脫條件時，假定在薄層上測得的 Rf 值就是樣品在色譜柱中的比遷移率 (R)。這是由於在薄層展開過程中，薄層固定相中所含的溶劑會不斷蒸發，因此薄層上各點所含的溶劑量是不相等的，起始線附近的含量要高於薄層前部的含量。但是，如果嚴格控制色譜的操作條件，就可以得到接近真實值的 Rf 值。用薄層分離壹種成分，Rf 值範圍壹般為 0.85>Rf>0.05。此外，薄層色譜法還可用於藥材品種、藥材及其制劑的真偽檢驗、質量控制和資源調查、化學反應過程的控制、反應副產物產物的檢驗、中間體的分析、化學藥品和制劑中雜質的檢驗、臨床和生化檢驗及毒理分析等，是有效的手段。