a、由於醫院實行銷售零差價，藥店實行不超過15%加價的銷售模式，即醫院的藥品進價和銷售價相同，而藥店在進價的基礎上實行最高15%的加價銷售，再加上進貨廠家因素不同，進貨時間不同，導致同壹藥品在醫院和藥店的價格不同。
二是醫院部分藥品價格高於社會藥店。原因如下:
1.藥品的商品屬性:藥品雖然有救命的特殊性，但在市場經濟環境下還是商品，任何商品都會存在價格差異。比如大商場賣的衣服和地攤上賣的衣服價格差距很大。
2.政策層面的問題:
1)國家藥品價格定價體系允許藥品差價。目前，我國藥品價格定價包括國家控制價、省級控制價、企業自主定價、政府招標價。有壹個現實是，同壹種藥，不同產地，不同廠家，不同進貨渠道，價格都不壹樣。因此，部分藥品在醫院和社會藥店的價格存在差異，這是體制、機制和市場結構存在的矛盾和問題的綜合反映。不是醫院本身的問題。
2)醫院不能自主決定藥價。目前我院藥品價格為湖北省藥品集中招標采購價格。根據國家規定，藥品的招標價格不得提高或降低。衛生部2011頒布的《藥品集中采購監督管理辦法》第十七條第(四)項規定:“不執行藥品集中采購，二次議價，變相降低價格，或者與企業簽訂背離合同實質性內容的補充條款和協議的；”屬於違規行為，“衛生行政、工商行政管理等部門將依法處理:”
第三，社會藥店購藥是直接用現金從藥品物流公司購買藥品，銷售價格可自行制定。醫院藥品采購必須從省級政府集中招標平臺采購。藥品供應企業必須開具正規的藥品銷售發票，其稅率為17%。再者，由於缺乏對醫院的財政補償，允許醫院藥品銷售額在進價基礎上增加15%。這也是藥價不同的原因之壹。
四是醫院承擔治病救人、災害應急等社會責任，需要使用無利可圖的藥品或補貼；面臨報廢的藥物用不完，壹定要準備好。每個醫院每年都會因為備用藥品的丟失而承擔大量的費用。社會藥店不承擔急救、災害、突發事件的藥品供應責任。他們可以選擇容易銷售且銷售有利可圖的藥物。壹家藥店有多少品種？300~500就很棒了。醫院裏有成千上萬的常規備用藥品。這有可比性嗎？而且藥店的價格可以根據市場情況自行確定，醫院絕對不可能。
總之，因為醫院和藥店拿藥的渠道不壹樣，所以價格也不壹樣。另外醫院的藥比藥店貴，醫院的藥都保證是正規的醫藥品牌。