（壹）辦公室
綜合協調機關行政事務工作，起草重要文稿；負責文電、會務、機要、檔案、信訪、信息、統計、新聞宣傳、政務公開等工作；負責機關後勤保障、行政接待、固定資產管理、安全保衛工作。
（二）政策法規處（行政許可服務處）
監督檢查餐飲服務環節食品安全和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理方面的法律、法規、規章和政策的實施；承擔規範性文件、行政處罰案件的審核和備案工作；負責行政執法監督工作；承擔有關行政復議、行政應訴、聽證和賠償等工作；指導本系統法制建設，組織開展有關法律法規的宣傳教育及培訓工作；負責擬訂和完善本部門行政許可工作制度並組織實施；承擔本級餐飲服務和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等方面行政許可工作。
（三）餐飲安全監管處
承擔餐飲服務環節食品安全監督管理工作；監督實施餐飲服務環節食品安全管理規範；負責重大活動餐飲食品安全保障；開展餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測；承擔餐飲服務環節食品安全監管有關信息的發布工作；參與餐飲服務環節食品安全事故調查處理。
（四）保健食品化妝品監管處
承擔保健食品和化妝品監督管理工作；監督實施保健食品生產經營質量管理規範及化妝品衛生許可有關規範、化妝品衛生標準和技術規範；組織開展保健食品安全監測和評價；承擔保健食品安全監管有關信息的發布工作。
（五）藥品安全監管處
監督實施藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器法定標準；監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑、藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；配合實施國家基本藥物制度；組織實施藥品分類管理制度；配合實施中藥保護品種制度；組織開展藥品不良反應和藥物濫用監測；依法監管麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品、藥品類易制毒化學品、藥源性興奮劑；監管藥品委托生產；協助省食品藥品監督管理機構辦理藥品、藥品包裝材料、醫療機構制劑註冊現場核查以及藥品註冊監督等相關業務。
（六）藥品流通監管處
監督實施藥品經營質量管理規範；承擔藥品經營質量管理規範認證相關工作；監督實施藥品流通領域處方藥、非處方藥分類管理；負責藥品流通、使用環節的日常監管；承擔中藥材市場監管工作；監管互聯網藥品信息服務和交易行為。
（七）醫療器械監管處
監督實施醫療器械標準；監督實施醫療器械臨床試驗、生產、經營質量管理規範和分類管理；負責轄區內醫療器械生產、經營企業的日常監管；參與醫療器械招標監管；組織開展醫療器械不良事件監測；承擔醫療器械再評價和淘汰的相關工作；受省食品藥品監督管理機構委托，負責醫療器械經營企業許可證核發及管理的具體工作。
（八）藥品稽查處（淮安市食品藥品監督管理局稽查支隊）
組織實施餐飲服務環節食品安全和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理稽查制度；組織查處有關方面的違法行為；擬訂全市相關產品的抽驗計劃並組織實施；指導和監督縣（區）食品藥品稽查執法、應急管理、產品召回和案件查處工作；承擔本地區藥品、醫療器械及保健食品廣告的檢查和提請查處。
（九）人事教育處
承擔機關和直屬單位機構編制、幹部人事、勞動工資工作；負責全市食品藥品監督管理系統及食品藥品從業人員的培訓工作；組織實施執業藥師資格準入制度，承擔執業藥師資格考試、註冊及繼續教育相關工作；負責藥學（藥品）相關專業技術職稱考試、評審註冊及繼續教育工作；組織開展食品藥品監管的對外交流與合作；負責機關老幹部工作。
（十）財務審計處
擬訂食品藥品監督管理發展規劃並組織實施；擬訂機關和直屬單位規劃、財務管理制度並組織實施；組織編制機關和直屬單位的經費預算、決算；安排、管理有關項目經費；監管直屬單位國有資產；負責本系統行政事業性收費的監督管理工作；承擔直屬單位內部審計工作。
（十壹）監察室
監察本局及所屬單位黨組織、黨員領導幹部貫徹執行黨的路線、方針、政策和決議的情況；立案調查本級檢查、監察對象違反黨紀、政紀的案件以及本系統內人員的重要違紀案件；協助局黨組和行政領導抓好黨風廉政建設，糾正部門行業不正之風；配合人事教育部門和局黨組對黨員進行黨風黨紀教育，對工作人員進行政風政紀教育；受理對本局及所屬單位的黨組織、黨員幹部和監察對象違反黨紀政紀問題的揭發、檢舉、控告；受理黨員、被監察人員不服紀律處分的申訴；承辦本局黨組、行政領導和上級局紀檢組、監察室交辦的其他事項。