首先，監管機構政策目標內生沖突。當前縣區基層普遍建立了市場監管部門，但上級仍是食藥監管、工商、質監等部門。由於改革同時將食品安全監管職能統壹劃轉給食藥監部門行使，上級工商、質監部門的理性選擇是強調本部門剩余職能的重要性，並且以自身工作為出發點設置政策議程，政策目標缺乏壹致性和互補性。上級的多頭部署會議、報表、檢查等事務，使基層疲於應對，導致機構政策目標內生沖突。
據統計，有的縣級市場監管局壹年中收到上級三個部門文件多達1784份，主要是布置開展各類專項監督檢查，數量遠超機構改革前三個局接收文量的總和。
以近期發生的天津獨流鎮“假冒調料”事件為例，其涉及市場秩序、食品安全、知識產權等諸多政策議題，本應該是綜合執法的優勢所在，但實際上市場監管局並未發揮協同作用。
其次，監管職權和監管資源結構性不匹配。在簡政放權的背景下，市場監管部門職能不斷減少。不論是“先照後證”“多證合壹”，還是企業年報制度，都強調許可權和監管權的精簡下放，以減輕市場主體負擔。而食品藥品安全則不能壹味放權，甚至需要上收和集中壹部分高風險監管事權，兩者形成理念沖突。此外，市場監管部門習慣於傳統行政管理模式，與基於風險分析的食品藥品現代監管理念也不相符。
有研究統計了三個縣級市場監管局2015年食品藥品監管工作情況，其中65％的監督檢查力量用於行政許可和專項檢查，最終僅發現15％的案件線索，投入與產出嚴重倒掛。