菌落總數平板計數原則：
1、無菌操作：操作中必須有“無菌操作”的概念，所用玻璃器皿必須是完全滅菌的，不得殘留有細菌或抑菌物質。所用剪刀、鑷子等器具也必須進行消毒處理。樣品如果有包裝，應用75%乙醇在包裝開口處擦拭後取樣。
操作應當在超凈工作臺或經過消毒處理的無菌室進行。瓊脂平板在工作臺暴露15分鐘，每個平板不得超過15個菌落。
2、采樣的代表性：如系固體樣品，取樣時不應集中壹點，宜多采幾個部位。固體樣品必須經過均質或研磨，液體樣品須經過振搖，以獲得均勻稀釋液。
3、樣品稀釋誤差：為減少樣品稀釋誤差，在連續遞次稀釋時，每壹稀釋液應充分振搖，使其均勻，同時每壹稀釋度應更換壹支吸管。
在進行連續稀釋時，應將吸管內液體沿管壁流入，勿使吸管尖端伸入稀釋液內，以免吸管外部粘附的檢液溶於其內。
為減少稀釋誤差，SN標準采用取10mL稀釋液，註入90mL緩沖液中。
平板計數的局限性
平板計數法只能測定那些可培養的微生物，往往低估土壤中實際存在的微生物數量，而且幹擾因素很多，如土壤懸液中原有的菌聚集在壹起或附在土粒上，未被完全分散，所以平板上形成的菌落數比實際菌落數低。
采用的培養基或培養條件有選擇性，難以平等地區分所有的微生物，而且稀釋液可能會抑制某類（種）微生物。為了更準確地闡述平板菌落計數的結果，現傾向於用菌落形成單位表示樣品中的微生物數量。
以上內容參考：百度百科-平板菌落計數法、百度百科-平板計數法