案件調查終結報告由首部、正文和尾部三部分組成：
（壹）首部。包括標題、案由、當事人基本情況。
1、標題。居中寫“案件調查終結報告”作題。
2、案由。案由應按《藥品監督行政執法文書規範》第九條規定書寫。
3、當事人基本情況。依次寫當事人名稱全稱、地址、聯系電話。當事人是自然人應當依次寫明姓名、性別、年齡、文化程度、身份證號碼；當事人是法人或其他組織的按《營業執照》或《醫療機構執業許可證》登記的名稱全稱填寫；若當事人委托授權處理的還應當寫明受托人姓名、性別、年齡、民族、文化程度、單位、身份證號碼、同當事人的關系。
（二）正文。包括案件來源、違法事實與證據、辦案程序、當事人的意見、處理建議五部分。
1、案件線索與來源。寫明什麽時間什麽途徑（《藥品監督行政處罰程序規定》第十三條規定的四種案源中之壹）案件發生；初步查證的事實與證據；因何種違法嫌疑於何時立案調查。
2、違法事實與證據。主要寫清當事人實施違法行為的具體過程，包括作案時間、地點、動機、目的、經過、手段、情節、非法所得、非法經營額、違法行為造成的後果。特別要把重要情節、疑難問題、關鍵所在作重點的敘述。敘述的事實均應有證據證明，重要的證據應特別註明。需要說明的是，當事人如果有應當減輕、從輕、免予處罰情節或理由的，應在違法事實部分說明。
3、辦案程序。重點寫明立案審批、調查取證等活動是否按照法律規定程序進行。特別要寫明采取先行登記保存證據，查封扣押物品強制措施是否在法定期限內進行行政處理；是否履行告知義務，充分聽取當事人陳述申辯；還要寫明有無應當回避的稽查執法人員執法問題。
4、當事人意見：包括當事人對查證核實的藥品違法行為認定與否，提請案件承辦機構考慮的其他理由、證據等，以及對違法行為認可態度等。如果當事人確認執法人員檢查和調查情況的，可寫為“當事人對上述違法事實沒有任何異議並在《現場檢查筆錄》、《調查筆錄》中簽字確認”。如果當事人對認定的違法事實有異議或有提請案件承辦機構考慮的其他理由或證據的，調查人員應在報告中進行說明，並說明是否采納的理由。
5、處理建議。先對案件的全部事實進行綜合歸納，然後引用有關法律法規（條、款、項、目）準確定性；同時，寫明違法行為對藥械市場秩序、群眾身體產生或可能產生的後果。再依據法律法規提出處理建議。應註意的事項有：壹是對免除、減輕、從輕、從重情節的要提出事實依據和法律依據，事實依據應當同“查證事實與主要證據”部分的記述要相互對應。二是要引用法律法規條款的具體內容。三是對給予行政處罰的，應逐條寫明，並做到條理清楚。
（三）尾部。承辦案件稽查執法人員署名，註明制作報告的日期。