我國對保健食品、保健食品說明書和保健食品的生產實行審批制度，對上市的保健食品實行標誌管理。每壹種保健食品都有自己獨特的程序，主要包括國產保健食品的審批、進口保健食品的審批、保健食品生產的審批、進口保健食品轉國產的審批，此外還有營養補充劑和組合保健食品的審批，以及相應的檢測機構。
衛生部評估委員會每年召開四次評估會議，通常在每季度的最後壹個月。衛生部向批準的保健食品頒發保健食品批準證書，批準文號為“衛食健字()號”，進口保健食品批準文號為“衛食健字()號”。獲得保健食品批準證書的食品，允許使用衛生部規定的保健食品標誌。
保健食品必須安全無毒，各種原料及其制品必須符合食品衛生要求，不會對人體造成任何急性、亞急性和慢性危害。其次，功能要確切，除衛生部批準的24項功能外，其他功能都有相應的規定；最後，配方要科學，成分和用量要有科學依據，有效成分要明確。有效成分難以確定的，應當確定與功能相關的主要原料。
審批制下國產保健食品的審批程序
*申請人在檢驗機構完成保健功能、毒理學安全性、衛生學和穩定性試驗；
*省評審委員會進行技術評審；
*省級衛生行政部門進行初審；
*衛生部評估委員會的技術評估；
*經衛生部批準。
*需要提交的信息
1保健食品申請表
2產品配方及基礎
3生產過程
4質量標準
5 .毒理學安全性評價報告
6健康功能評估報告
7功能組件識別報告
8功能部件的測試方法
9功能性成分穩定性試驗報告
10衛生檢驗報告
11標簽和說明
12國內外相關信息
13其他信息
14十個樣品
審批制下進口保健食品的審批程序
*申請人已在衛生部食品檢驗所完成保健功能、毒理學安全性、衛生學和穩定性試驗；
*衛生部評估委員會的技術評估；
*經衛生部批準。
*需提交的材料
1保健食品申請表
2產品配方及基礎
3生產過程
4質量標準
5 .毒理學安全性評價報告
6健康功能評估報告
7功能組件識別報告
8功能部件的測試方法
9功能性成分穩定性試驗報告
10衛生檢驗報告
11標簽和說明
12國內外相關信息
13生產國或國際組織的相關標準
14允許生產和銷售的國家(地區)相關衛生機構出具的證明。
15其他信息
16十個樣品
審批制保健食品生產的審批程序
*保健食品生產者的申請應經省級衛生行政部門審查批準。
*需要提交的信息
1食品生產經營衛生許可證
保健食品批準證書原件或復印件。
3 .保健食品企業標準、生產企業衛生標準和生產企業制定的配方說明書
4 .技術轉讓或者合作生產的，應當提交與保健食品批準證書持有人簽訂的有效技術轉讓或者合作生產合同。
生產條件、生產技術人員和質量保證體系介紹。
6三批產品的質量衛生檢驗報告。
審批制下進口保健食品轉內銷的審批程序
*保健食品生產者提出申請，由省級衛生行政部門審批，並報衛生部備案。
*需要提交的信息
1食品生產經營衛生許可證
保健食品批準證書原件或復印件。
3 .保健食品企業標準、生產企業衛生標準及配方說明
4.批準在中國設立獨資、合資、合作企業的有關文件。
5 .合營企業和聯營企業的協議及相關法律文件。
6 .生產條件、生產技術人員和質量保證體系的介紹。
7.修改產品標簽和說明書的三批產品的質量和衛生檢驗報告。
審批制下衛生部受理的醫療保健職能
1免疫調節
2延緩衰老
3提高記憶力
4促進生長和發育
5抗疲勞
6減肥
7缺氧耐受力
8抗輻射
9抗突變
10調節血脂
11有助於抑制腫瘤，防止化學致癌。
12改善性功能
13調節血糖
14改善胃腸功能(促進消化吸收、改善腸道菌群、潤腸通便、保護胃黏膜)
15改善睡眠
16改善營養性貧血
17對化學性肝損傷有保護作用。
18促進泌乳
19美容(祛痘祛斑)
20改善視力
21促進排鉛。
22清咽潤喉
23調節血壓
改善骨質疏松癥(增加骨密度)
上述功能以外的其他功能的申請也不全部駁回，但必須由保健食品的科研生產單位提出申請，經衛生部審評委員會審查，並報衛生部批準後，方可作為新功能添加。
營養素補充劑審批制度
由壹種或多種化學合成或從天然動植物中提取的營養素制成的食品，是壹種營養素補充劑。營養素補充劑旨在補充人體相應的營養素。申報過程中可以省略產品的功能評價報告，其他信息與具有特定保健功能的保健食品相同。營養素中所含營養素的推薦日攝入量壹般應控制在我國RDA的1/3~2/3的水平。
組合保健食品與審批制度
組合保健食品是指在壹個銷售包裝中，將幾種功能和/或營養成分互不矛盾的保健食品和/或營養補充劑組合在壹起，以滿足壹群人的特殊健康需求和方便消費者實驗，並要求消費者同時食用的壹組保健食品。
組合保健食品中的每壹種產品必須是由同壹單位研制生產並經衛生部批準的保健食品。不同功能、營養素品種及其用量的組合應符合保健和營養科學的原則，並為組合提供科學依據；每種產品的標簽和說明書應按照衛生部批準的內容分別標註，對人的適宜性、保質期和貯存方法不相互沖突。標簽上必須標明“該群體已獲衛生部備案”的字樣。申請人應當向衛生部提出申請，經衛生部食品衛生審查委員會技術審查合格後，報衛生部備案。備案號為“衛組食健備字(第)號”。
*需要提交的信息
1組合保健食品申請表
每種產品的保健食品批準證書復印件
3結合科學基礎
4.標簽和說明書的組合樣本。
5個組合保健食品樣品
審批系統測試機構
功能性檢測機構必須是衛生部根據《保健食品功能性檢測機構認定和管理辦法》認定的，其從事的功能性檢測類別和項目也是衛生部批準的。