(1)辦公室。
負責局機關政務活動的組織、實施、檢查和落實，組織協調局機關日常工作和對外聯絡工作；負責起草綜合性文件和報告，起草監獄中長期和年度計劃；負責公文處理、政務信息、新聞發布、文秘、保密、政府督查督辦、信訪、文書檔案管理、行政事務、法制等工作，處理監獄與地方政府的糾紛；負責全區監獄系統的行政復議和行政訴訟工作。
(2)組織幹部部。
負責制定並組織實施黨員隊伍和人民警察隊伍建設計劃；指導全區監獄系統黨建工作；承辦黨委換屆選舉；負責管理全區監獄系統的建設；負責幹部任免、調配、聘用、考核、獎懲、撫恤、工資福利等工作。，並承擔監獄系統人民警察的審批、職稱評定和出境人員的政審工作；考察監獄領導班子建設情況；協助自治區司法廳對監獄系統正處級領導幹部進行考核管理。
(3)刑罰執行辦公室。
負責起草全區監獄警察執法責任制和刑罰執行規章制度；負責刑罰執行中罪犯的增加、減刑、假釋，審核死刑、無期徒刑罪犯的減刑，批準暫予監外執行；處理對罪犯的申訴、控告和案件；指導和監督全區罪犯的關押和釋放工作；指導對監獄罪犯的考核；協調監獄與公安、法院、檢察院的業務關系。
(4)監獄管理部(監獄偵查部)。
制定監獄管理的規章制度和監獄工作計劃，並組織實施；指導、監督和管理監所監管安全和監所案件偵查工作，了解全區監獄情況並制定相應對策；指導監獄做好罪犯隔離、規範管理、日常監管、行政獎懲和防逃工作；掌握監獄安保設施，指導和監督監獄武裝安保工作，管理武器彈藥；負責派遣罪犯；指導全區創建現代文明監獄；協調監獄與公安、檢察、法院、武警羈押部隊相關事宜。
(5)勞動改造管理辦公室。
制定罪犯勞動改造的政策、制度和規章並組織實施，指導、監督、檢查全區監獄系統罪犯勞動改造、罪犯現場勞動管理和安全生產工作；負責擬定全區罪犯勞動力安排計劃和罪犯勞動改造任務；協調全區監獄和監獄企業集團罪犯勞動改造工作中的有關事宜。
(6)教育改造處(罪犯心理矯治管理辦公室)。
負責全區罪犯教育改造工作，制定罪犯教育改造計劃和管理制度；為新犯人編寫政治課、文化課、技術課和教材；指導全區監獄罪犯的心理矯治工作；負責罪犯的社會幫教和刑滿釋放人員改造質量的跟蹤檢查。
(7)生命健康技術裝備部。
負責制定罪犯生活衛生工作計劃，指導、監督、檢查罪犯生活衛生管理和罪犯疾病預防、勞動保護工作；負責技術裝備規劃和設備采購分配，指導特種技術裝備、警用交通工具、無線電通信工具和計算機網絡安全管理的監督教育工作。
(8)策劃部。
負責監獄系統基礎設施投資計劃的起草和申報；研究制定監獄布局和總體規劃；管理項目開發，負責籌集建設管理資金；監督工程質量、進度、安全和資金使用，負責監督設施和部分生活設施的設計；監督項目、法人、招投標、合同、廉政等制度的執行情況，檢查監獄建設標準的執行情況；負責基建統計。
(9)財務部。
負責編制全區監獄系統財務預算，核算上級撥款和下級撥款；管理監獄系統經費，監督檢查經費使用情況；負責基本建設財務核算、預算外資金管理，承擔全區監獄系統國有資產管理監督工作；負責局機關經費的管理。
(10)宣傳教育司。
負責監獄系統的普法、警察培訓和素質教育；組織評比表彰先進活動，辦理立功和獎勵審批；負責宣傳報道和《政治工作簡報》的編發；起草局黨委中心組學習計劃；負責全區監獄工作人員思想政治工作研討會的日常事務；管理和指導警官學校的工作。
(11)審計局。
負責監獄系統的審計監督，對監獄生產經營、基本建設、資金使用等經濟活動進行審計，按照幹部管理權限對領導幹部進行經濟責任審計。
(12)警察監察局。
負責監督全區監獄執法和重要警務活動的組織實施；負責監督監獄警察紀律和監督制度的執行。
政府機關的黨委負責黨群工作。
離退休人員辦公室負責機關離退休人員工作，指導監獄系統離退休幹部管理工作。