1、初審申報。
參保單位或參保個人首次申請須在每季度最後壹個月15日以前，憑《醫保手冊》）到初審醫院醫保科領取表格並完整填寫《特殊病種門診申請表》，同時備齊申報病種的相關病歷資料（或復印件）、壹張近期1寸免冠照片，選定壹家定點醫院和壹家特殊病種門診服務藥店就醫、購藥。
異地安置人員特門申報由單位醫保專幹或本人到本市本級特門初審鑒定醫院醫保科辦理相關手續。
2、醫院初審。初審醫院收齊申請人的相應資料後，組織本院醫療專家診查並初步鑒定。
3、專家評審。市醫療保險處每季季末組織本市城鎮職工基本醫療保險專家委員會進行集中評審，專家委員會根據特門確認標準進行逐個審定。
4、發放《特殊病種門診專用病歷》。經市專家委員會評審通過的，特門申請人在下個季度第壹個月5個工作日以後，攜帶《醫保手冊》到市醫療保險處領取《特殊病種門診專用病歷》，評審通過者於當月開始享受基本醫療保險特殊病種門診待遇。經市專家委員會評審未通過的，註明未批準的原因並書面告知，同時將病歷資料退回申請人。
5、特殊病種續辦程序。特殊病種門診A、B類有效期為兩年，C類有效期為壹年。病情未愈須繼續治療的，需要辦理續辦手續。
二、辦理特殊門診醫療證所需資料
1、門診病歷、住院病歷復印件；
2、患病以來的化驗單、檢查報告單；
3、近期免冠照片3張（1寸彩照）；
三、門診特定病種怎麽申請？
1、待遇認定申請。參保人員持有效身份憑證（醫保電子憑證、居民身份證、社會保障卡等）到具備診斷資格定點醫療機構進行體檢。經具備相關專業執業資質的接診醫師診斷後，符合標準的填寫《門診特定病種待遇認定申請表》（下稱申請表），再由副主任醫師職稱以上的醫師在《申請表》上簽名復核，最後到醫療機構醫保部門進行認定審核。
2、認定審核確認。醫療機構醫保部門對符合規定的現場予以辦理，並為參保人員出具《門診特定病種待遇認定表》。
3、選定就醫定點醫療機構。
（1）選定在認定的定點醫療機構的，由認定的定點醫療機構將備案及定點信息上傳至國家醫療保障信息平臺；
（2）選定在其他符合條件的定點醫療機構，憑《認定表》及有效身份憑證原件到參保統籌區醫保經辦機構現場辦理或通過線上渠道辦理選點手續。
4、門特就診。參保人員持有效身份憑證（醫保電子憑證、居民身份證、社會保障卡等）在選定的定點醫療機構進行就診，定點醫療機構按規定進行結算。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
《關於開展城鎮居民基本醫療保險門診統籌的指導意見》
第六條 探索適合門診統籌費用控制機制和結算管理的方式。根據門診就醫和醫療費用支出特點，積極探索總額預付或按人頭付費等費用結算辦法。充分發揮醫療保險集團購買的優勢，采取定服務機構、定服務項目、定考核指標、定結算標準、定支付辦法等方式，探索就醫、支付、結算壹體化的門診統籌綜合管理辦法，有效控制門診醫療費用。