Taq 緩沖液（10×） 180 ul
dNTP (2.5 mM) 20~25 ul
Primer Forward (primer concentration at 10Pmol) 5 ul
Primer Reverse (primer concentration at 10Pmol) 5 ul
ddH2O 720 ul
Taq (2U/ul) 12~15 ul
2.在室溫下隨機選擇平板內的單個菌落，用消毒牙簽或槍頭挑取單個菌落（強調是單個，而不是雙克隆），在 LB 瓊脂糖平板上復制單個菌落；然後將沾有細菌的牙簽或槍頭放入相應的 PCR8 管或 96 孔 pcr 反應板中（96 孔反應板和所選菌落都有很好的標記，如板上的點是 1#、2#、3# ...... 那麽 96 空反應板也相應標上 1#、2#、3#）。(......，以便擴增培養後篩選到克隆），然後將挑取的 96 個單克隆菌落轉移到 48 孔板培養基中進行培養，挑取單克隆菌落進行轉移後，由於挑取的菌落染色在 96 孔反應板上，可以用相應的通用引物與事先配制好的 PCR 混合物混合均勻後加入到 96 孔反應板中進行反應。
3.將帶有細菌的 PCR 混合物放入 PCR 儀中，在正常條件下進行擴增。
4.在擴增反應液中加入溴酚藍或其他染料，電泳檢測是否獲得目的片段。如果有，則為陽性克隆。
5、將已篩選出的陽性克隆對應的菌株選取到 96 孔反應板中，37 度下繼續培養到壹定時間即可提取質粒，測序驗證是否為所需的目的基因
註意：引物的設計非常關鍵。壹般來說，如果是定向克隆，可以使用載體上的通用引物；例如 pET 系列可以使用 T7 通用引物。如果是非定向克隆（如單酶消化或平端連接），則壹個引物用載體上的，壹個引物用目的基因上的，這樣更容易識別，出錯的概率也很低。PCR條件的選擇接近最佳，同時挑選菌種不宜過多，否則會出現非特異性擴增。
所用引物的濃度不宜過高，濃度過高會導致非特異性擴增，反應的循環次數也不宜過多，壹般不超過25次。同時由於擴增片段的 GC 含量問題，有的 GC 含量很低，有的很高，導致菌落 PCR 不容易擴增出目標條帶，這裏建議設置 PCR 程序時以高 GC 溫度為上限，每個循環下降 0.2 度左右。
48孔板 96孔反應板