移送地衛生行政部門應當將案件查處結果函告移送地衛生行政部門。第十三條 中國人民解放軍和武警部隊的單位和個人有違法行為的，可以會同軍隊衛生行政部門查處，行政處罰決定由地方衛生行政部門作出。第三章 受理與立案 第十四條 衛生行政部門及其設置的藥品監督機構受理下列案源：
（壹）藥品監督檢查發現的；
（二）藥品檢驗發現的；
（三）舉報屬實的；
（四）上級主管部門或有關單位移交的。
案件受理後，應填寫《案件受理登記表》（附表2） 第十五條 經初步調查，認為應當立案的，經辦人必須填寫《立案申請書》（附表3）報當地衛生行政部門主管領導。
衛生行政部門主管領導應當在接到《備案申請書》後七日內作出是否批準備案的決定。第四章 調查取證 第十六條 經批準立案的，應當成立由藥品監督員組成的辦案組。辦案組成員（以下簡稱承辦人），應當為三人以上單數。第十七條 承辦人認為自己與案件有利害關系或者其他關系的，應當申請回避，由衛生行政部門主管領導決定。第十八條 凡調查取證，必須有兩名以上承辦人參加，並出示身份證明。
現場調查應當制作現場調查筆錄（附表4）。第十九條 衛生行政部門向有關單位和個人調取證據，有關單位和個人不得拒絕。第二十條 調取證據應當調取原件、原物。調取原件、原物有困難的，可以由有關單位和個人在提交的證據中復制件、照片、復印件、摘錄件上加蓋印章，並註明 "與原件、原物相同 "或者說明的字樣。第二十壹條 承辦單位對調查過程中發現的假藥、劣藥、疑似藥品，應當當場取證、取樣、扣押（附表5），並出具《藥品臨時管理決定書》（附表6）。第二十二條 凡能夠證明案件真實情況的書證、物證、視聽資料、證人證言、當事人陳述、鑒定結論、調查筆錄、現場筆錄等，均為定案證據。第五章 立案與送達 第二十三條 調查結束後，承辦人應當寫出案件調查報告。內容包括案由、案情、違法事實、處理意見等。需要作出行政處罰的，填寫《行政處罰決定書》（附表7）報衛生行政部門主管領導決定，重大、復雜案件的行政處罰，報衛生行政部門辦公會議審議。
衛生行政部門主管領導或者辦公會議應當在收到案件調查報告、《行政處罰意見書》後十日內作出具體決定。第二十四條 作出行政處罰決定後，填寫《行政處罰決定告知書》（附表8）由承辦人送被處罰單位或個人簽收。
被處罰單位法定代表人不在場的，交單位其他負責人或收發管理人員簽收；被處罰個人不在場的，交與其同住的成年家屬簽收。第二十五條 拒收《行政處罰決定告知書》的，送達人應當邀請有關人員到場，說明情況，在《行政處罰決定告知書送達回執》（附表9）上註明拒收理由和日期，由送達人、見證人簽名（蓋章），將《行政處罰決定告知書》留在被處罰單位或者個人處，即視為送達。