新農合實現了政策目標，基本實現了農村全覆蓋，有效緩解了因病致貧、因病返貧問題，減輕了農民因病致貧的經濟負擔，給農民帶來了實實在在的利益，促進了農村基層衛生條件和服務質量的改善，為加快構建覆蓋城鄉居民的多層次醫療保障體系奠定了基礎。新農合基金管理使用總體情況也是好的，但也存在少數違規違紀問題，主要表現在:壹是個別縣市政府有關部門擠占挪用新農合基金用於支付企業職工基本養老保險；二是少數縣市新農合機構未經嚴格審核把關，擅自擴大補償範圍、提高補償標準；三是部分鄉鎮衛生院利用虛假病歷騙取新農合補償。此外，審計調查還發現，新農合在實施和管理中還存在壹些需要研究解決的問題，如基本藥物制度中的藥品采購需要進壹步規範，新農合的保障水平需要進壹步提高，信息化建設需要進壹步加強等。對於審計調查發現的問題，我們已經依法出具了審計調查報告，各地也進行了積極整改，有關部門也在積極研究完善制度。
這些問題的出現，從根本上說，壹是個別地方政府和機關的有關部門執行財經紀律意識不強；二是少數經辦機構日常工作管理薄弱，職責履行不到位，薪酬報銷審核不嚴格；三是鄉鎮衛生院同時履行醫療機構和經辦機構的雙重職能，沒有實行管辦分離，醫療服務行為缺乏有效的監督和問責，醫患之間缺乏必要的約束機制。
針對上述情況，我們建議地方各級政府加強基層經辦機構能力建設，加強對定點醫療機構的監管，完善基金監管機制和內控制度，提高新農合基金監管質量；建立科學合理的基層醫療機構考核激勵制度，探索建立責任追究和醫患約束機制，規範基層醫療機構醫療服務行為。
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