1.被查出感染後需不需要服藥治療，雖然還存在著爭論，但絕大多數專家認為應因人而異。總的原則是除有明顯用藥指征外，壹般不必用藥治療。其理由壹是人群中感染率很高，涉及面很廣，真正有癥狀者卻很少。因此，普遍采取滅菌治療，根除感染是不現實的，也很難行得通；二是幽門螺桿菌雖然和胃癌有壹定關系，但如果沒有其他因素(主要是不健康生活方式)作用，單純感染而致胃癌的幾率很小。為了預防日後發生胃癌而長期服藥，似無此必要。當然，並非對所有感染者都放任不理。壹般主張，凡有以下指征的感染者，可在醫生指導下合理服藥，進行根除治療:①確診為消化性潰瘍者，不論有無出血等並發癥，最好服藥治療；特別是處於消化性潰瘍活動期而感染程度又較重(輕重常以“+”表示)的患者，應及時采取根除療法；②確診為慢性胃炎活動期者，尤其是證實胃黏膜有萎縮性變化或不典型性增生者；③有胃癌家族史，本人或壹級親屬曾得過胃癌，經手術切除已康復者。以上幾類人如持續存在幽門螺桿菌感染，則以後繼發胃癌的危險性明顯增加，故主張服藥根除治療較為妥當。
2.用藥方案雖然很多，但大體上都是采用壹種質子泵抑制劑或壹種鉍劑，再加上兩種抗生素組成的所謂三聯療法。具體如下:①質子泵抑制劑(常用洛賽克、達克普隆)。②鉍劑(常用膠體次枸櫞酸鉍等)。③抗生素(克拉黴素、阿莫西林、甲硝唑或呋喃唑酮)。
以上①~②項中任選壹項，加上三種抗生素中的兩種，組成三聯療法，連續治療1~2個星期為壹個療程。治療方案雖由醫生處方，但患者也要主動配合，才能事半功倍。比如，治療期間註意有無嘔吐、惡心、皮疹、腹部不適等不良反應；如有應立即告知醫生調整藥物；又如，治療期間要堅持良好生活方式，不要自行服用其他藥品，以免影響根除效果；再有，壹個療程結束後約壹個月時應及時復診，由醫生決定是否有必要進行復查。據多數臨床報道，經過上述藥物治療大都得到根治，且復發率不高；少數根除失敗者，應和醫生壹起分析失敗原因，采取再次根除治療或微調藥物品種(避免耐藥性)。壹般初次根除治療失敗患者，多數可以成功根治。
3.中藥治療幽門螺桿菌的優點。最近，不少專家指出，西藥三聯療法或四聯療法雖然效果不錯，但部分患者由於對西藥過敏或對抗生素產生耐藥，使療效大打折扣；如果采用中藥治療，雖然起效時間可能比西藥慢，療程比西藥長，但它的優點也非常突出。比如:沒有耐藥性，極少副作用，依從性好、治療費用低，保證了患者堅持治療的條件。
4.證實有殺滅幽門螺桿菌作用的中藥。據中醫介紹，以下中藥對幽門螺桿菌敏感，有不同程度的療效:大黃、大蒜、黨參、茯苓、白芍、甘草、石斛、枸杞、陳皮、厚樸、虎杖、姜半夏、木香、砂仁、佛手、延胡索、枳殼、枳實、丹參、三七、烏梅、紫草、吳茱萸、訶子等。當然，以上中藥只能說對殺滅幽門螺桿菌有用，但具體到對某個患者的治療，則需要由資深中醫師經過辨證論治，選藥配方，才能保證療效。