杭州市醫療保障局的主要職責是:
(壹)貫徹執行國家和省有關醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障的法律、法規和政策，擬定相關政策、地方性法規、規章草案和計劃、標準。
(二)組織制定醫療保險籌資和待遇政策，完善動態調整和地區調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保險待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。建立全市統壹的醫療保障體系。組織制定和實施長期護理保險制度改革方案。
(三)組織制定和實施醫療保險基金監督管理辦法，建立健全醫療保險基金安全防控機制，推進醫療保險基金支付方式改革，承擔市級醫療保險基金監督管理工作。
(四)組織實施藥品、醫用耗材、醫療服務項目和醫療服務設施等醫療保險目錄，按照規定權限組織制定和實施藥品、醫用耗材、醫療服務項目和醫療服務設施等支付標準和收費政策，建立動態調整機制。建立價格信息監測和信息發布制度。
(五)按規定權限組織制定藥品和醫用耗材招標政策並監督實施，指導和監督藥品和醫用耗材招標平臺的建設和維護。
(六)制定定點醫療機構協議和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫療保險範圍的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保險領域違法行為。
(七)負責醫療保障管理、公共服務體系和信息化建設。組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。
(八)完成市政府交辦的其他工作。
杭州市醫療保障局的職責分工
杭州市衛生健康委、市醫保局等部門在醫保、醫療、醫藥方面加強制度和政策銜接，建立溝通協商機制，共同推進“三醫聯動”改革和縣級醫療衛生服務，加快醫保、醫療、醫療數據互聯互通，提高醫療資源利用效率和醫療保障水平。
以上內容參考:浙江政務服務網-市醫療保障局