連鎖藥店對單體藥店的吸引主要是在GSP認證上，因為相關政策規定，連鎖店面數量在10家以上的，只需抽查30％的店面，這樣抽到自己頭上的概率比作為單體藥店顯然小得多，而且，多數小藥店並沒有資金實力進行GSP改造，正是這種好處，使得全國許多小藥店都對加盟表現了異乎尋常的熱情。
原因壹：加入連鎖藥店經營成本更高
小藥店對加盟望而卻步，除了連鎖藥店經營狀況普遍不佳外，還有連鎖藥店的統壹配送體制。從理論上講，連鎖總店統壹采購應該比單體藥店自己采購更能夠降低采購成本，而事實卻並非如此。
連鎖總店給加盟門店配送的藥品除了破損、過期等原因外，壹般是不願退貨的，而且加盟門店必須從總店進貨。此外，加盟門店還要付給總店不菲的加盟費和品牌使用費，種種負擔算在壹起，比自己開單體藥店的成本高多了。正是這種利益上的沖突，讓許多單體藥店對加盟不感興趣。
原因二：連鎖藥店選擇加盟店要求高
鑒於目前藥品零售行業普遍的經營困境，和壹些加盟店違規經營藥品給總店帶來的不好影響，連鎖藥店在選擇加盟店時也非常謹慎小心。往往壹些地段較好、沒有不良經營歷史且效益較好的單店才能入他們的眼線，但像這樣的優良單店往往不願加盟。
連鎖店也頗多苦衷，增加加盟店會導致經營成本大幅上升。譬如：增加配送車輛和人員勢必會增加藥品的配送成本，而同時為了保證有足夠的藥品配送，勢必要增加藥品的儲備，從而增加藥品的倉儲面積和倉庫的養護成本。而這些新增的成本肯定要在藥價上平攤。
原因三：高風險令連鎖藥店選擇謹慎
目前廣州近壹半的連鎖店面處於虧損或持平狀態，這時吸收單體藥店只會拖累自己加重負擔和經營風險。因為藥品零售利潤逐漸下滑，為了生存某些單店在進貨渠道上往往違規操作，將這些單店吸收進來，勢必增加管理成本，而且壹旦單店出了問題，整個經營鏈上的其他店面都會受影響。
根據相關政策規定，少於30家店面的連鎖企業，如果新加盟數量超過總數的50％，或大於30家店面的連鎖企業新加盟數量超過總數的30％，就必須重新通過GSP認證審查，這對連鎖企業來說也是壹種風險。