生態系統監測指標體系分為兩級：壹級指標包括耕地、森林、草原、流域和濕地、城鄉居民點和工礦用地、未利用地等6類生態系統。二級指標包括水田、旱田等 24 種子級生態系統。對每壹類生態系統的區域分布、面積及其動態變化進行監測。
生態系統監測方法采用遙感監測技術，其技術方法步驟主要包括遙感數據采集、遙感圖像處理、遙感圖像判讀、地面核查和建立生態系統遙感監測數據庫。
在生物群落監測方面，《規範》將山東省生物群落分為陸生生物群落、水生生物群落和海洋生物群落三大類型。陸生生物群落監測方法主要包括樣方法、樣線法和訪問調查法；水生生物群落監測和海洋生物群落監測采用實驗室分析法。
在汙染生態監測方面，以SO2為例，《規範》選取喬木苔蘚、地衣、紫花苜蓿作為SO2響應指示生物，垂柳、加拿大楊作為SO2汙染積累指示生物，鯉魚、鯽魚、鰱魚作為水環境汙染積累指示生物。
采用生物損傷指數法和生物汙染指數法判斷生物損傷指數和生物汙染指數的特征，並將汙染生態狀況分為無汙染、輕度汙染、中度汙染和重度汙染四類。
建設項目生態影響類主要指對生態環境有影響的建設項目，主要包括交通運輸、礦產資源開采、油田及油氣管道開發等建設項目。建設項目產生的生態環境問題主要包括生物多樣性減少、自然資源減少或質量下降、生態格局和生態功能改變、地貌景觀改變、水土流失、環境汙染等。因此，在建設項目竣工環境保護驗收調查中應將環境汙染監測作為工作重點。