1、辦公室
協助局領導處理機關日常行政事務工作；建立、健全局機關各項內部管理制度；負責機關政務信息、機關效能建設、機要、檔案、督查提案、議案、建議、信訪、保密、安全等工作；負責文件的綜合、起草局內重要文件、報告和領導講話；負責機關財務、固定資產、文件打印、車輛等內部管理事務；負責內外接待和聯絡事務；負責企業因公出國（境）人員出訪的審查和呈報；負責市委經濟發展工委的文秘工作。
2、綜合與法規處（市減輕企業負擔辦公室）
綜合分析近期全市工業經濟和產業發展的重大問題並提出意見和建議；研究提出近期經濟運行調控目標、政策和措施；組織協調調研工作；負責市工業網站的建立、管理及局機關辦公自動化工作；收集、整理分析和發布工業經濟信息；負責指導聯系全市經濟社團、行業協會。組織綜合性經濟法規的起草和協調及參與我市有關法規的研討、修訂；指導、落實我市工業企業加入WTO後的應對措施，提高我市工業經濟競爭力；對經濟法規的執行情況進行監督檢查；承擔本局的行政復議和應訴工作；指導有關行業法規的起草；組織管理企業內部的法律顧問工作；承擔治理企業“三亂”、減輕企業負擔的有關工作。
3、經濟運行處
監測分析全市工業經濟運行態勢，協調解決經濟運行中的重大問題；編制並組織實施近期經濟運行調控方案、政策、措施；負責全市工業經濟總量平衡，推動企業加強營銷工作，促進產銷銜接；提出全市重要工業品、生產原材料的資源配置調整方案並組織實施；負責重點企業、重要工業生產要素的調度與協調工作；推動企業不斷提高產品質量；指導企業扭虧增盈工作；負責廈門市工業企業投訴服務中心的日常工作。
4、企業處
對各種經濟成分的企業實行宏觀管理和指導，規範企業行為規則；提出國有企業改革的政策和大中型企業股份制改革方案，推進現代企業制度建立；指導和協調國有企業實施戰略性改組，組織實施國有工業企業合並或分立以及推進國有中小企業的改制工作；總結和推廣企業的先進管理經驗、指導和推動企業加強管理；組織推進企業管理信息化建設；研究提出發展大型企業和企業集團的政策措施，會同有關部門組織實施列入國家計劃內兼並、破產項目的工作；研究提出扶持中小企業發展的政策措施，對全市中小工業企業進行指導和服務；協調組織培育中小企業信用、擔保體系，建立完善中小企業服務體系；參與企業股份制改造的有關工作；負責典當行業的監管；會同有關部門貫徹執行國家有關企業國有、集體資產監督管理的政策法規並提出我市的實施辦法。
5、投資與技術進步處
擬定加大技術改造投資及高新技術產業發展的政策和措施，編制全市技術改造的項目規劃和年度計劃並組織實施；負責全市技術改造、技術引進、利用外資項目的立項和可研報告的審批；指導工商領域固定資產的投資方向；監督上市公司的資金投向；負責工商領域固定資產投資咨詢機構資質的審查和管理；指導和監督技術改造項目設備招標工作；參與市技術改造資金的管理與使用；核發國家鼓勵發展的內外資項目（技改類）確認書；負責全市工業企業的易地搬遷技術改造的規劃，並組織實施、監督、管理。
貫徹執行國家有關企業技術進步的方針、政策，擬定推動企業技術進步鼓勵企業技術創新的措施；指導協調市重點技術創新項目的實施；組織實施技術創新、產學研工程，推進以企業為主體的技術創新體系建設，推動產業升級和產品更新換代；編制全市技術創新、產學研聯合的項目規劃和年度計劃，並組織實施、協調服務、監督檢查、跟蹤管理；負責新產品、新技術的鑒定、驗收管理和技術改造項目的竣工驗收管理；負責組織企業技術中心評價、認定、管理及技術進步獎勵工作；參與高新技術企業（項目）認定工作；組織國內外技術交流與合作；參與市技術創新資金、市產學研發展資金的管理與使用。
6、能源管理處
貫徹並組織電力體制改革；監測分析電力運行態勢，平衡電力資源；監督電網調度，協調處理電網運行、電力經濟運行中的重大問題；培育和監管電力市場、規範電力市場運行秩序；提出電、熱價格政策、意見，參與電力價格的制定、調整、改革工作；指導節約用電工作。
貫徹執行國家有關企業節約資源和發展新能源方針、政策和法規，制定我市資源節約和綜合利用實施細則；落實資源綜合利用優惠政策，負責資源綜合利用產品的認定；協調企業節能降耗、綜合利用工作，參與管理節能專項資金；依照法規牽頭組織有關部門對成品油市場進行監管，審查成品油經營單位的設立，負責成品油零售經營權的審批，參與加油站布局規劃，協調解決成品油經營中的有關問題；負責煤炭經營許可證（零售企業）的審批，優化煤炭資源的合理配置，協調處理煤炭經營中的有關問題；負責組織全市集中供熱規劃工作，協調處理集中供熱運行中的有關問題；負責再生資源管理工作；負責汽車更新管理工作；參與散裝水泥、墻體材料、建築節能的政策、規範和標準的制定以及散裝水泥專項資金和墻體材料專項基金的監管；制定環保產業發展規劃與政策，推進環保產業技術進步。
7、外經處
負責協調解決工業企業在進出口過程中的問題；指導企業開展國際化經營、境外投資；負責轉報企業境外投資項目申請；編制本市重要工業品進口配額計劃，負責重要工業品的進出口管理，辦理重要工業品進出口手續；負責制訂並實施全市工業企業擴大出口的有關政策、措施，加強對生產企業自營進出口的指導和監督管理，推動企業開展自營進出口工作；指導企業開展對外合作交流；牽頭協調工業企業對外招商引資工作，引導外商投資；負責本局系統的對外經貿及外事工作。
8、對口支援處（市人民政府對口支援辦公室）
負責牽頭制定我市對口支援和山海協作的指導性計劃、優惠政策，報市委市政府批準後貫徹實施；建立對口支援信息網絡、提供咨詢服務；負責組織我市黨政代表團及有關單位、企業到對口協作區考察，商談對口支援措施，開展經濟技術活動；協助有關部門籌備召開我市與對口地區的黨政領導聯席會議，對對口支援項目進行籌劃、洽談、協調、督促、檢查和落實；負責對口支援專項基金和山海協作資金的管理，會同有關部門對對口協作項目進行審批，引導基金合理投資，提高資金使用效果；配合有關部門做好我市赴對口支援地區掛職幹部的有關工作。
9、協作與聯絡處
編制全市經濟技術協作的指導性計劃；實施省、市際政府間的橫向經濟技術協作計劃，協調解決協作中遇到的重大問題；負責對內招商引資，推進企業間橫向經濟技術合作；負責我市企事業單位到外省、市設立經濟實體或辦事機構的報備工作；負責各地大、中型企業在我市設立辦事處的報備工作；負責各省（市）、自治區、中央部委機關和大、中型企業在廈設立的辦事處及內聯企業的聯絡、服務工作；參與內聯企業、駐廈機構入廈戶口的申請；負責國內友好城市的聯絡工作。
10、行業規劃處
貫徹執行國家產業政策，研究提出全市產業發展導向，重點發展的行業利用外資的有關政策，監督檢查產業政策的實施情況，協調解決執行中的重大問題；組織制訂全市工業結構調整目標和政策措施；提出行業發展的戰略，中長期規劃及產業政策建議；負責辦理國家產業政策限制的生產性項目立項及市場準入；負責本市辦理《禁止化學武器公約》的有關事務，對民用化工中涉及《禁止化學武器公約》規定監控化學品的生產、銷售、儲存等各環節實行管理；負責藥品藥械儲備和災情、疫情突發事故及地方常見病藥品的緊急調用工作，參與市醫藥儲備資金的監管；負責全市工業行業的經濟信息統計工作；協調解決行業發展中的重大問題。
11、市場處（市整頓與規範市場經濟秩序辦公室）（市開拓國內市場工作協調小組辦公室）
負責市場分析調研，提出維護市場經濟秩序的法規政策；擬訂工貿結合的政策措施；指導和組織工業企業開拓國內外市場；協調組織企業參與國內外各類商品展覽會、展銷會；協同有關部門做好內外貿結合和進出口的管理業務；指導全市廣告業發展工作；組織協調全市整頓和規範經濟秩序工作。
12、產業損害調查處
研究建立產業損害預警監測機制，實現產業保護的前置化；指導和協調全市工業企業及行業協會應訴國外對我發起的反傾銷補貼調查；配合國家經貿委反傾銷調查，組織本市企業產業損害的調查和認定；負責我市產業安全的宣傳、咨詢及培訓工作。