接菌設備有接種室、接種箱、接種罩、電子接種器、超凈工作臺幾種。
（1）接菌室
又叫無菌室，是最常用的無菌環境之壹。由外面緩沖間和裏面接菌間組成。緩沖間面積2～3平方米，內設掛鉤放置工作服、帽子、口罩、拖鞋等，用以更衣。接菌間面積5～6平方米，高2.5米，內置接菌臺、坐凳和必需的接菌工具及藥品。天花板和墻底部各安裝壹個由8層紗布或過濾棉做成的換氣窗，窗口外部再安裝壹個可開關的木制窗門。消毒時把木窗關嚴不漏氣，消毒後打開木窗便於通過紗布或過濾棉換氣。操作時紗窗起過濾空氣作用。室內要求密封、光滑、平整，便於拖洗。進出口應采用鋁合金拉門，門與墻平齊，門縫要封緊。兩間的拉門位置應錯開，避免外部未經消毒的空氣沖入接菌間內，並應保持室內氣流相對靜止。兩間均安裝紫外線燈和日光燈，燈的開關設在室外。
（2）接菌箱
分雙人操作和單人操作兩種。如生產母種可用單人操作的；如生產二級種或栽培袋應用雙人對面操作的，這樣接種操作方便、縮短時間、降低汙染。
接種箱是由木材和玻璃構成，安裝可開啟的框架，用於取放物品。箱頂安裝紫外燈和日光燈各壹支，頂外部兩端各打壹個直徑10厘米的圓孔，封上棉花或紗布以利空氣交換。箱前後各開兩個孔，配有雙層套袖及安裝可移動的小門。
接種箱因容量小，所以壹次性接種量少，操作也不很方便。每次接種後均需重新消毒，工作效率不高，目前生產中逐漸被其他接種設備所取代。
（3）接種罩
用0.005厘米厚的塑料膜熨成蚊帳式的罩，壹般2.5米高，長寬根據接菌量而定。罩的四角掛在接菌場地上方，下面用沙袋將罩的四周壓封，開門處兩邊塑料膜重疊0.5米。該罩具有取材方便、制作簡易、成本低廉、壹次性接種量大、工作效率高的優點。目前很多地區已推廣應用。
（4）電子接菌器
該設備是由臭氧發生器產生壹定濃度的臭氧，使室內空氣達到消毒殺菌，形成無菌環境進行接菌。接菌器每次使用後要用酒精棉球擦洗幹凈。如把電子接菌器與接菌室、接菌罩配合使用，效果則更佳。但註意避免接觸藥物噴熏而腐蝕零部件。
（5）超凈工作臺
是目前國內外先進的空氣凈化設備，通過濾過的平行或垂直層流的無菌空氣，使工作臺上方空間成為無菌區（凈化區）。與常見接種設備相比，超凈工作臺潔凈度高、接種效果好、正品率高、可連續作業提高工作效率，並避免了藥物消毒對人體的傷害。