1、《藥品經營許可證》的變更分為許可項目變更和註冊項目變更。許可事項的變更是指經營方式、經營範圍、註冊地址、倉庫地址(包括倉庫的增減)、企業法定代表人或負責人、質量負責人的變更。登記事項的變更是指除上述事項外的其他事項的變更。
2、藥品經營企業變更《藥品經營許可證》許可項目的，應當在原許可項目變更30日前向原發證機關申請辦理《藥品經營許可證》變更登記。未經批準，許可事項不得變更。原發證機關應當自收到企業變更申請和變更申請材料之日起15個工作日內，作出是否批準變更的決定。
3、許可申請發生變更的，原發證部門應當按照本辦法規定的條件驗收合格後辦理變更手續。藥品經營企業依法變更《藥品經營許可證》許可項目後，應當依法向工商行政管理部門辦理相關企業登記變更手續。如發生分立、合並、變更經營方式、跨原轄區遷移等情況，應當按照本辦法的規定重新辦理《藥品經營許可證》。
4、企業法人非法人分支機構變更《藥品經營許可證》許可項目的，必須出具由上級法人簽署的變更申請書。
5、藥品經營企業變更《藥品經營許可證》登記事項的，應當在工商行政管理部門批準變更後30日內，向原發證機關申請辦理《藥品經營許可證》變更登記。原發證機關應當自收到企業變更申請和變更申請材料之日起15個工作日內，辦理變更手續。
6、《藥品經營許可證》登記事項變更後，原發證機關應當在《藥品經營許可證》副本上記錄變更的內容和時間，並根據變更後的內容補發《藥品經營許可證》正本，收回《藥品經營許可證》正本。變更後的《藥品經營許可證》有效期不變。
7、《藥品經營許可證》有效期為5年。有效期屆滿需要繼續經營藥品的，許可企業應當在有效期屆滿前6個月內向原發證機關申請換發《藥品經營許可證》。原發證機關對本辦法規定的投標條件進行審查，符合條件的，收回原證書，換發新證書。不符合條件的，可以在3個月期限內整改，整改後仍不符合條件的，註銷原《藥品經營許可證》。
8、食品藥品監督管理部門應當根據藥品經營企業的申請，在有效期屆滿前作出是否批準換發藥品經營許可證的決定。逾期未決定的，視為批準續期。