1環境因素
微生物制劑大多在非可控養殖水體中使用，環境因素（如：溶氧、堿度、溫度、DH值等及天氣情況）對微生物制劑的使用會產生壹定的影響。
1.1 溶解氧
水體中的溶氧量會影響好氧菌的生長速度和氧化分解汙染物的效率。目前微生物制劑中的芽孢桿菌為好氧菌（或兼性菌），硝化細菌為嚴格好氧菌，使用含有此類活菌的產品時，壹定要保持水體足夠的溶解氧，以維持細菌的快速繁殖和對汙染物的有效分解。以硝化細菌為例，每毫克氮經過整個硝化途徑後，南氨轉化為硝酸鹽需要 4.57 毫克溶解氧來 "清除 "含氮物質釋放的電子，因此保持較高的溶解氧水平對硝化細菌來說是必要的，研究表明，水中溶解氧大於至少 2 毫克/升是硝化細菌進行正常硝化反應的必要條件。研究表明，水中溶解氧大於至少 2 毫克/升是硝化細菌進行正常硝化反應所必需的。
池塘底部溶解氧過低會影響生物底改的效果。大多數養殖戶偏愛顆粒狀生物底質改良，他們認為既然是底改，當然要沈到池塘底部才能發揮更好的作用。但池塘底部是汙染最嚴重的區域，特別是在養殖的中後期，底部耗氧因子的積累往往會使底部溶氧枯竭，如果沒有生物底改的耐缺氧菌株（≤0.5～1.5 mg/L），那麽這些細菌在缺氧環境中的生長繁殖就不理想，雖然直接投放到底部，但大部分細菌都處於休眠狀態或不繁殖，甚至死亡，即使投放大量細菌也無濟於事。即使投放大量細菌也無濟於事。有些生物改底劑建議配合增氧粉（粒）使用，通過增加溶解氧也能促進生物改底的效果。
1.2 堿度--pH 值和鹽度
堿度的大小表征了水體緩沖能力的大小。在藻類光合作用下，低堿度水體（CaC0 含量 <50 mg/L）的 pH 值波動比高堿度水體（CaCO 含量 80 至 150 mg/L）大。每種細菌都有壹個最佳 pH 值範圍，pH 值波動過大會影響硝化細菌等微生物制劑的效果。雖然各種嗜硝酸和硝酸細菌生長的最佳 pH 值不同，但它們都能在微堿性反應環境中生長良好，並對 DH 值的變化做出明顯反應。硝酸細菌如硝化細菌（Nitrobaeter）的 DH 值為 8.3 ～ 9-3，壹般在中性或微堿性條件下生長最好。硝化細菌產品需要保持較高的培養水堿度才能發揮良好的作用，理論上
按硝化細菌氧化1mg N-NH計算，需要消耗7.14mg的堿度。池塘底部汙染嚴重，有機酸發酵積累，堿度過低，會使底部的pH值很低，會嚴重影響細菌孢子微生物制劑對池塘底部的改善作用。有些細菌不耐高鹽，註水後產品中的活菌死亡率高也是影響效果的原因之壹。
1-3天氣條件
大多數微生物制劑在20～3O內活性比較好，水溫低於10℃活性明顯降低，在使用微生物制劑時要註意水溫對產品效果的影響。天氣好壞會影響藻華和水色變化，對於以水色變化與否來檢驗產品的養殖戶，最好在晴天上午使用微生物制劑。亞硝酸菌對近紫外波段非常敏感，強光對於亞硝酸菌的影響較大，所以在使用硝化細菌制劑產品時，養殖水體的透明度不能太大，否則選擇合適的時間使用會有更好的效果。
1.4 營養不足或過剩
細菌進入水體後的繁殖速度與水體的營養水平有很大關系。壹般認為，細菌生長對水體 C、N、P 的利用率為 100:5:1。如果水體過於瘦弱，或者營養元素單壹或失衡，壹些以異養細菌為主的活菌制劑就不會大量繁殖，使用活菌制劑幾乎沒有效果，此時應適當補充水體中缺乏的營養元素，才能取得較好的效果。例如，對於反硝化細菌，水體中的BODJTN<3，需要補充碳源，才能有較好的反硝化效果，否則，即使滿足了反硝化的條件，在後期的微生物制劑使用中，水體越用越密。
適量的有害物質如氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫或有機物的存在是必要的，因為細菌只有以此為基礎才能獲得生存和繁殖的能量，但過多則會對微生物產生毒害作用，如非離子氨對硝化細菌是有微量毒性的，當非離子氨的濃度達到8mg/L時，就會對硝化細菌產生抑制作用。另外，亞硝酸鹽積累過多也會對硝化細菌產生抑制作用，所以我們在使用微生物制劑時要充分考慮這些因素對產品使用的影響。
1.5 其他環境因素
如果水體中細菌吞噬的輪蟲、枝角類等浮遊動物大量存在會影響使用效果。此外，水體中重金屬或農藥等化學物質含量較高也會對微生物制劑的使用效果產生影響。
2 使用中的問題
2.1 使用量
使用國產生物制劑時，養殖戶有加大劑量（或加倍）和根據水深增加用量的習慣，好的產品用量不是越多越好，水體投放菌種過多會導致池塘生態結構失衡、藻相的破壞（多發生在生態系統脆弱的覆蓋池塘，過多的菌藻爭奪養分），水體溶氧不過多的細菌和藻類爭奪營養物質），溶解氧降低，養殖動物產生應激反應，而過少的細菌則達不到良好的效果。667 m2 的養殖水面投放多少細菌才會經濟有效？這與產品的細菌活性、配比技術、生產工藝、菌種進入水體的活力和繁殖情況以及水環境等因素有關，至今尚無這方面的研究報道。但實際經驗表明，國內大多數微生物制劑產品每種菌的用量在1000億～5000億cfu/667m，有的甚至更多，國外少數同類產品為200億～500
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