各省、自治區、直轄市及計劃單列市商務主管部門(以下簡稱省級商務主管部門)負責本地區易制毒化學品進出口管理工作。同時受商務部委托，負責本地區易制毒化學品進出口許可證和部分易制毒化學品進出口許可證的初審工作。
縣級以上商務主管部門負責本地區易制毒化學品進出口的監督檢查。第五條通過對外交流、交換、合作、贈與、援助和服務等方式進出口易制毒化學品的，應當按照本規定申領進(出)口許可證。第六條易制毒化學品進出口經營者(以下簡稱經營者)以加工貿易方式進出口易制毒化學品或者作為易制毒化學品的加工成品、副產品，需要在國內銷售的，應當按照本辦法的規定先取得相應的進(出)口許可證，並憑進(出)口許可證辦理相關手續。第七條混合物中含有易制毒化學品的，經營者應當將易制毒化學品的數量折算後，按照本規定申請進(出)口許可，但含有易制毒化學品的復方制劑除外。第八條易制毒化學品樣品的進出口，應當按照本規定申請進(出)口許可。第九條易制毒化學品的過境、轉運和聯運，應當按照本規定申請進(出)口許可。第十條易制毒化學品進出境外以及進出保稅區、出口加工區等海關特殊監管區域和保稅場所，應當按照本規定申領進(出)口許可證。
易制毒化學品在保稅區、出口加工區等海關特殊監管區域與保稅場所之間，或者在上述海關特殊監管區域與保稅場所之間進出境的，無需申領進(出)口許可證。第十壹條經營者進出口易制毒化學品，應當向海關如實申報，提交進(出)口許可證，海關憑許可證辦理通關手續。進口第壹類藥品類易制毒化學品時，還應當提交食品藥品監督管理部門出具的《進口藥品通關單》。第十二條出入境人員攜帶《易制毒化學品管理條例》第壹類易制毒化學品藥劑和高錳酸鉀，應當以本人自用、合理數量為限，並接受海關監管。
出入境人員不得攜帶前款規定以外的易制毒化學品。第十三條國家對部分易制毒化學品進出口實行國際核查制度。管理規定另行制定。第十四條麻黃素等重點監控易制毒化學品由商務部會同國務院有關部門批準的企業進出口。管理辦法另行制定。第二章進出口許可證的申領和審核第十五條經營者申請易制毒化學品進出口時，應當通過商務部兩用物項和技術進出口管理電子政務平臺真實、準確、完整地填寫易制毒化學品進出口申請表，並提交電子數據。第十六條省級商務主管部門應當自收到之日起3日內對進出口申請電子數據進行審核，符合申報條件的，通知經營者在線提交書面材料；不符合申報條件的，網上說明原因並退回重新申報。第十七條經營者收到提交書面材料通知後，應當向省級商務主管部門提交下列書面材料:
(壹)簽名並加蓋公章的易制毒化學品進(出)口申請表原件；
(二)對外貿易經營者登記表復印件；
(三)營業執照復印件；
(四)易制毒化學品生產、經營、購買許可或者備案證明；
(五)進出口合同(協議)復印件；
(六)代理人身份證明復印件。
申請易制毒化學品出口許可證，還應當提交進口商政府主管部門出具的易制毒化學品合法使用證明復印件或者進口商合法使用易制毒化學品的擔保文件原件。
對本條規定的材料復印件有疑問的，商務主管部門可以要求經營者提交上述相關材料的原件。
書面材料不齊全或者不符合法定形式的，省級商務主管部門應當自收到書面材料之日起5日內告知經營者需要補正的全部內容。逾期未告知書面材料的，自收到書面材料之日起受理。第十八條申請無需國際核查的《進出口目錄》第三類易制毒化學品的，省級商務主管部門應當自收到完整、合格的書面材料之日起5日內，對經營者提交的書面材料和電子數據進行審查，並作出是否許可的決定。
準予許可的，省級商務主管部門應當在上述期限內出具《兩用物項和技術進(出)口審批表》，並將電子數據報商務部備案；不予許可的，省級商務主管部門應當書面通知經營者並說明理由。