參保兒童、大學生發生的屬於基本醫療保險藥品目錄範圍內的住院基本醫療費用和藥品費用，以及目錄內的診療項目和壹般醫用材料費用，按90%的比例納入基本醫療保險大病基金核算範圍。住院起付線根據住院醫院級別不同而不同，起付線以下部分由個人自付，不納入醫保支付範圍。市內壹級及以下醫院住院起付線為 100 元，市內二級醫院起付線為 200 元，市內三級醫院起付線為 300 元，市外醫院起付線為 400 元。轉診到其他醫院住院的，住院起付線另行計算。
為了給兒童和中小學生提供醫療保障，國家建立了兒童醫療保險制度，財政和家庭各負擔75元，全年150元，待遇只包括住院和大病門診，不包括壹般疾病門診。
2007年7月20日，國務院發布《關於開展城鎮居民基本醫療保險試點的指導意見》，建立了居民基本醫療保險制度。2008 年 2 月，經原勞動和社會保障部批準，深圳市成為城鎮居民基本醫療保險擴面試點城市。目前，除兒童和大學生外，深圳居民均可享受住院、大病門診和普通門診待遇，而兒童的醫療保險待遇低於其他居民，因此，深圳將兒童醫療保險統壹納入住院醫療保險，同時取消了原有的兒童醫療保險，在參保家庭和個人負擔不增加太多的前提下，大幅提高兒童和大學生的醫療保險待遇。這是市委、市政府為改善少年兒童和大學生福利待遇而采取的重要舉措。少兒醫保並入住院醫保後，少兒醫保繳費標準按住院醫保規定執行，即月繳費標準為上年度在崗職工月平均工資（含基本醫療保險和地方補充醫療保險）的0.8%，按現行繳費基數3894元計算，每年為374元，財政部門每人每年的補助標準也相應提高到200元，這樣少兒每年個人繳費將增加1元，這是改善少兒和大學生福利的壹項非常重要的措施。這樣壹來，少兒每年需繳納的個人醫保費約為174元，僅比原來少兒醫保費多99元。
法律依據：
《中華人民共和國社會保險法》第二十九條：參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、醫藥經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。