牡丹種子千粒重約為150克-180克，因此種子繁殖的繁殖系數大，可在短時間內獲得大量種苗。根據這壹特點，牡丹播種繁殖多用於生產藥用牡丹和培育嫁接砧木。牡丹單瓣品種結實力強、籽粒飽滿、發芽率高、適應性廣、生長勢強、變異小，其中以單瓣品種 "鳳丹 "最具代表性。因此，在生產藥用牡丹和培育嫁接砧木時，多采用單瓣品種的種子，尤其以 "鳳丹 "的種子量最大。其中，"鳳丹 "的種子量最大。牡丹半瓣膜或瓣膜品種的雄蕊或雌蕊往往瓣膜化或退化，籽粒少或無籽，籽粒幹癟，發芽率低，變異性大，所以壹般用半瓣膜或瓣膜品種的種子來選育新品種。無論是單瓣品種的種子，還是半瓣或重瓣品種的種子，播種後 3-5 年才開花，但 5 年生以上的植株結籽較多，籽粒飽滿。
1、種子采收
牡丹的果實為蓇葖果，壹個果實壹般有3-5個莢果，每個莢果含種子6-10粒。
牡丹種子應適時分批采收，不宜過早或過晚。早收的種子不成熟，質地細嫩，含水量多，容易發黴或幹癟；晚收的種子變黑，質地堅硬，種皮厚。種子的成熟度對發芽率影響很大，壹般當蓇葖果外殼呈棕黃色或褐色，種子呈乳黃色或紅褐色時，就需要采收種子了。在菏澤、洛陽地區，常在 7 月下旬（夏）至 8 月上旬（秋）期間采種。
2、種子播前處理
蓇葖果采收後，應攤放在陰涼通風的室內，讓其成熟。蓇葖果采收後，應攤放在陰涼通風的室內，讓其成熟，切忌暴曬，否則種子壹旦幹燥就會失去發芽能力，攤放蓇葖果的地方不宜過分幹燥或潮濕。過於幹燥，殼內的汁液層會很快幹涸，種子不能充分後熟，甚至造成種子脫水幹癟；過於潮濕，會造成發熱或黴變。應每隔 1-2 天翻動壹次，防止內熱和黴變。10-15天後，莢果逐漸變成褐色或黑色，大部分莢果自行開裂，爆出種子，少數可人工剝離，然後將莢果取出，挑出種子。
為了消除幹種子對發芽率的影響，可將揀出的種子放入水中，浸泡1-2小時，撈去漂浮在水面上的雜物和幹種子，取沈入水中的飽滿種子用於播種。
牡丹種皮的透水性和透氣性是影響種子發芽的重要因素。播種前，可用50℃的溫水浸種24-48小時，或用95%的酒精浸種30分鐘，或用濃硫酸浸種2-3分鐘，都能軟化種皮，促進發芽。不過，浸泡後的種子必須用清水沖洗幹凈。
牡丹的種子具有外胚層休眠的特點，秋季只有下胚軸向下生長，胚根突破種皮形成幼根，翌年春季發芽。100-300mg/L 赤黴素（GA-3）直接處理牡丹種子 72 小時可促進胚根的生長，對解除外胚層（胚根）的休眠無效。只有當胚根長度大於 3cm 時，用 100mg/LGA3 處理 24 小時，才能有效打破外胚層的休眠，使種子從生根生長轉入萌芽生長。
3、播種時間和方法
牡丹種子的播種時間壹般在 8 月下旬（處暑）至 9 月上旬（白露）之間進行，過早或過晚都會影響種子的發芽率。(牡丹種子發芽率與季節的關系可能是其最適溫度的反映）。芍藥屬某些植物的種子在
15℃時發芽最好，這壹溫度與牡丹種子在 9-10 月胚根顯露時的溫度非常接近。此外，接種在無菌培養基中的 "鳳丹 "種子離體胚在 5℃下生長無反應，在 10℃下生長緩慢，在 15℃下生長迅速，但在 20℃下有長成愈傷組織的趨勢）。如果因其他原因不能立即播種，應將種子與細沙混合後堆放在室內或放在瓦盆中進行沙藏，沙藏過程中應註意保持濕潤，沙藏時間不宜超過 15-20 天，待種子生根後必須下地。播種地應選擇沙壤土，底肥充足，壹般每666.7m2施腐熟餅肥100-200kg，同時每666.7m2應灑呋喃丹或辛硫磷15-20kg，福美砷或多福2-5kg。
如果土壤墑情適中，可深翻整平；如果地面幹旱無雨，應先澆水，待墑情適宜時再深翻整平。
牡丹播種壹般采用小高畦，畦高8-10厘米，畦寬50-60厘米，畦距30-50厘米
，溝深15-20厘米，播種方法因種子多少而異。足量播種即可，株距應大於3cm，不宜過密，每666.7m2播種量為50kg左右；少量播種即可，壹般行距6-10cm，株距5-8cm，最外邊距畦面壹般為10cm，播種用種量壹般每666.7m2為25-35kg。
播種後，用濕度適中的細土覆蓋床面2-3cm厚，然後覆蓋地膜，防旱保墑，提高地溫。
4、播種後的管理
牡丹播種後35-40天開始生根，翌年春分前後地溫4-5℃左右時開始發芽，清明前後出土，5月上旬進入幼苗期，幼苗高3-5cm，著生3片小葉。幼苗期。
冬至前後（12 月下旬）地面開始結冰時，應在播種床的地膜上覆蓋壹層稻草或玉米稭，以保護越冬。如果地裏幹燥，可以在苗床溝裏放水滲澆壹 "冬水"，切忌大水漫過苗床，造成土壤板結。
翌年2月下旬（雨水多）至3月中旬（春分），地面解凍後，應立即清除越冬覆蓋物，以利種子發芽出土。如果冬季雨雪太少，可在種子萌發出土前再澆壹次 "催芽水"。
幼苗易受地下害蟲危害，可用甲基異柳磷、呋喃丹、1605、辛硫磷等藥劑噴灑或誘殺。噴藥時，可與甲氧呋喃混用，可同時防治秧苗猝倒病。
5月底6月初如連續幹旱，可澆水1～2次。每次澆水或降雨後，應松土、除草、保墑。
5月中旬以後，幼苗葉片易發生葉斑病，可噴施綠亨壹號、多菌靈、多菌靈等藥劑防治，同時可摻施葉面肥，達到防病壯苗的目的。每隔 15-20 天噴灑壹次，連續噴灑至 9 月份。
如果是生產藥用牡丹，苗木生長1-2年後即可移栽，株行距40×60厘米，每穴栽1-2株，每666.7平方米栽2500株。
如果是培育嫁接用砧木，苗木可在原地連續培育2-3年，最好3年，85%以上的苗木可作為砧木；也可以將1年生的苗木拿起，然後按照株行距20×50cm進行移栽，再培育2-3年進行嫁接，這樣比在原地連續生長2-3年的苗木根系胡長，貯藏的養分豐富，能顯著提高嫁接成活率，增強嫁接苗的生長勢。
如果是為了選育新品種，點播應適當加大株距，可在原地連續生長3-5年，目的是讓其盡早開花，便於選育，以縮短整個育種周期。
起苗移栽時間，以9月上旬（白露）至9月下旬（秋分）為宜。起苗時，從苗床壹端挖40-60厘米深的溝，用鐵鍬或發卡垂直入土，用力將土和秧苗壹起翻入溝內，將秧苗挑出。
根據牡丹苗的株距和大小挖穴。栽植時，將苗木垂直放入穴內，壹手扶苗，壹手填土，當土填至穴的2/3時，用手將苗木輕輕向上提，使根系伸直，頂芽高出地面1-2厘米，然後用木棍或手將苗木周圍的土碾碎，邊碾邊填土，直至填滿穴為止。為了防旱和冬季保暖，在芽周圍用細土封成小土堆狀，壹般高出芽5厘米左右，翌年3月初左右（冬眠期），土地解凍後，應將牡丹上方的土逐漸去掉，以利於幼芽出土生長。