綜合協調局機關政務工作；擬訂局機關各項工作制度和管理制度；負責會議組織、綜合文秘、保密、檔案管理、提案建議、信息和信訪工作；負責局機關安全保衛、行政事務、國有資產管理工作；指導局直屬單位安全保衛和綜合治理工作。
（二）規劃財務
擬訂全市衛生發展規劃，指導區域衛生規劃；統籌規劃和協調全市衛生資源配置；執行國家衛生裝備標準，協調利用國外衛生貸款；擬訂衛生財務管理規章制度；管理醫療衛生服務項目、藥品價格；管理大型醫療設備配置；組織實施藥品、醫療器械采購的有關制度。藥品、醫療器械采購制度；負責管理全市衛生信息、衛生統計工作；監督管理直屬衛生單位的發展規劃、財務、基建、設備、藥品、醫療器械、醫用耗材的采購和國有資產；負責全市衛生、血防專項資金的管理工作；負責組織對直屬單位法定代表人任期經濟責任的審計。
（三）疾病預防控制科（市突發公共**** 衛生事件應急指揮中心）
擬訂並組織實施傳染病、慢性非傳染性疾病、精神疾病和公共**** 衛生相關疾病的預防控制規劃；組織實施重大傳染病、精神疾病的綜合防治；組織實施計劃免疫工作；組織調度開展救災防病工作，防止和控制疾病的發生和流行蔓延；組織實施計劃免疫工作。疾病發生和疫情傳播；承擔指導法定報告傳染病疫情信息報告工作。
承擔市公共****、衛生應急指揮中心的日常工作。擬訂衛生應急規劃、制度、預案和措施；指導突發公共**** 衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施突發公共**** 衛生事件和其他突發事件的預防控制工作；組織實施突發急性傳染病防控應急措施；發布突發公共**** 衛生事件應急處置信息。
（四）基層衛生
擬訂農村、社區衛生工作發展規劃和相關政策；組織實施全市農村初級衛生保健和農村衛生服務體系建設；組織實施全市社區衛生服務體系建設；組織指導農村、社區衛生人才培養；指導鄉村醫生、全科醫生相關管理工作，監督農村、社區衛生政策落實。
（五）藥品政策和基本藥物制度
貫徹執行國家基本藥物制度政策；組織實施全市國家基本藥物采購、配送、使用工作；組織實施和監督全市公立醫療機構藥品集中采購工作。
（六）婦幼保健科
擬訂全市婦幼衛生、健康教育的政策措施、發展規劃、規範並組織實施；負責全市婦幼衛生、健康教育的業務指導和相關人員培訓；監督管理婦幼保健工作，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；負責局機關和直屬單位計劃生育管理工作。同時負責局機關和直屬單位的計劃生育管理工作。 (七）醫務科
擬訂並組織實施醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療服務等有關政策和規範；組織實施醫療機構和醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、醫院感染管理、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；負責醫療機構和醫療服務的監管，建立醫療質量評價和監督體系。醫療機構，建立醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務等評價工作。建立健全以公益性為核心的公立醫院監管制度，協調推進公立醫院管理體制改革；依法監督管理采供血機構和臨床用血；負責醫療廣告的審查和審批；負責醫療事故和醫療糾紛的調查處理；配合有關部門組織實施重大災害事故、恐怖或中毒事件、核輻射事故等突發事件的醫療緊急救援和處理工作；負責全市重要活動和重大會議的醫療保障工作。
（八）衛生法制與監督
擬訂全市衛生地方性法規、規章草案和衛生相關政策；負責機關規範性文件的合法性審核；受理有關行政復議和行政訴訟；承擔擬訂全市深化醫藥衛生體制改革的有關政策。
參與擬訂食品安全地方標準；協助調查處理重大食品安全事故；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；負責食品衛生許可、餐飲、食堂等消費環節食品安全監管；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責全市放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責全市經營性公共****、生活飲用水等場所的衛生監督管理；負責傳染病防治監督工作；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為。
（九）科技教育科
擬訂醫藥衛生科技發展規劃和年度計劃；擬訂基礎醫學研究、重大疾病防治研究、醫學應用研究和醫學科研項目的政策措施並組織實施；組織協調醫藥衛生技術推廣和科學技術普及工作；承擔醫藥衛生實驗室和生物安全監督管理工作；指導醫院和臨床重點專科建設；組織整頓和規範醫療服務市場。臨床重點專科建設工作；管理全市醫學學術團體；組織指導衛生專業技術培訓；組織開展繼續醫學教育；組織指導國際交流合作和衛生援外等相關工作。
（十）衛生計生
負責組織實施中央、省、市衛生計生委衛生計生規劃、政策措施；負責協調幹部保健基地規範化建設和管理工作；負責全市衛生計生工作的管理和指導；負責市級衛生計生對象的健康保健和重要外賓的健康保健工作；負責全市高層次專家保健工作的實施和推進。同時負責全市高級專家保健工作的實施和推進。
（十壹）人事處
擬訂全市衛生人才發展規劃、政策並指導實施；擬訂局機關和直屬單位人事管理規章制度，負責局機關公務員制度的實施；負責局機關和直屬單位的機構編制、人員調配、考核獎懲、工資福利等人事管理工作；會同有關部門指導衛生專業技術人員考核和衛生專業技術資格評審工作；負責全市衛生系統、全省和全國表彰對象的組織推薦工作。
（十二）黨建工作
負責局機關和衛生系統黨組織建設和黨員教育管理工作；協助局黨委抓好局機關和直屬單位領導班子建設，負責局機關和直屬單位幹部任免考察、推薦等工作；負責局機關和直屬單位統戰、僑務、老幹部、關協、新聞宣傳、共青團****、幹部檔案管理工作；組織指導衛生管理幹部崗位培訓。
負責協調市直衛生系統精神文明建設工作；承擔全市衛生系統法制宣傳教育普及工作；牽頭負責直屬單位領導班子績效考核工作；組織指導局機關和直屬單位工作人員的理論教育工作；負責局黨校日常工作；協助管理民營醫院黨委建設和局工會工作。
機關黨委。負責局機關黨群工作。
按照有關規定設置紀檢（監察）組織。