1、設計微生物實驗室要合理規劃出各個科室，壹般包括準備室、微生物培養室、器械消 毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等。
2、各個科室之間應設單獨區域，並且安裝隔離門，在比較重要的實驗室中要設立好緩沖區，進入實驗室人員可在緩沖區二次清潔及更換衣物。
3、實驗室（含緩沖間）圍護結構內表面要光滑耐腐蝕、防水，以易於消 毒清潔。所有縫隙要加以可靠密封。實驗室內所有的門均可自動關閉。
4、除觀察窗外，不得設置任何窗戶。觀察窗要求密封結構，所用玻璃為不碎玻璃。地面應無滲漏，光潔但不滑。不得使用地磚和水磨石等有縫隙地面。
5、通風空調系統為直排系統，不得采用部分回風系統。
6、實驗室家具要牢固可靠。為易於清潔，各種家具和設備之間應保持壹定間隙。應有專門放置生物廢棄物容器的臺（架）。家具和設備的邊角和突出部位應光滑、無 毛刺，以圓弧形為宜。
譬如，實驗室知名建設商大橡木集團實驗室裝修設計的龍盛研究所，就是在微生物實驗室建設領域壹次成功的案例。龍盛研究院分為四期，為多層建築，實行分期建造。大橡木集團為其提供了包括實驗室裝飾系統、實驗室凈化系統、實驗室成品功能隔斷、實驗室承載設備及附屬設施（含通風櫃，生物安全櫃等）、實驗室通風系統、實驗室廢氣處理系統、實驗室智能化系統、實驗室集中供氣系統、實驗室純水系統等全面服務。