1.辦公室（規劃財務司） 的工作職責是：組織協調局機關政務工作；負責局機關文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、統計管理等工作；組織起草局重大工作計劃和重要文件；負責領導批示和重要政務的督辦；負責應急管理的組織協調；擬訂本系統中長期發展規劃和建設規劃並組織實施；擬訂局機關和直屬單位規劃、財務管理制度並組織實施；組織編制年度預決算並監督執行；綜合管理各類資金、資產、基本建設和政府采購工作；承擔本系統行政事業性收費的監督管理；負責對局機關財務和直屬單位的審計監督工作；指導本系統信息化建設；承辦局交辦的其他事項。
2.政策法規司 的工作職責是：組織開展食品藥品監督管理政策研究；參與起草食品藥品監督管理的有關法律法規和部門規章草案；提出立法規劃和計劃建議；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔行政執法監督工作；承擔有關行政復議、行政應訴和聽證等工作；組織本系統行政審批制度改革；指導本系統法制建設；承擔有關國家藥物政策和基本藥物制度的研究和協調工作；承擔新聞發布、宣傳報道、報刊出版管理相關工作；承擔涉及世界貿易組織的相關工作；承辦局交辦的其他事項。
3.食品許可司 的主要職責是：承擔保健食品、化妝品、消費環節食品衛生許可管理工作；擬訂保健食品、化妝品、消費環節食品衛生許可的有關規範並監督實施；擬訂保健食品標準和技術規範並監督實施；擬訂化妝品衛生標準和技術規範並監督實施；承擔保健食品、化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產和化妝品首次進口等的審批工作；承擔保健食品、化妝品檢驗檢測機構資格認定和監督管理;承辦局交辦的其他事項。
4.食品安全監管司 的主要職責是：承擔消費環節食品安全監督管理工作;擬訂消費環節食品安全管理規範並監督實施，承擔消費環節食品安全狀況調查和監測工作，發布與消費環節食品安全監管有關的信息；組織開展消費環節食品安全事故的處理工作；依法承擔有關保健食品、化妝品安全性評審工作；承擔保健食品、化妝品衛生監督管理工作；承辦局交辦的其他事項。
5.藥品註冊司（中藥民族藥監管司） 的工作職責是：組織擬訂藥品、藥用輔料的國家標準和研究指導原則；組織擬訂直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用要求、標準和研究指導原則；承擔藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料的註冊工作；組織擬訂非處方藥物目錄；組織擬訂藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範並監督實施；負責組織和管理藥品註冊現場核查工作；指導和監督醫療機構配制制劑的註冊工作，負責醫療機構配制制劑跨省區調劑的審批工作；負責藥品進口管理工作；組織實施中藥品種保護制度；組織擬訂中藥飲片炮制規範；承辦局交辦的其他事項。
6.醫療器械監管司 的主要職責是：組織擬訂國家醫療器械標準並監督實施；擬訂醫療器械分類管理目錄；承擔醫療器械的註冊和監督管理工作；擬訂醫療器械臨床試驗、生產、經營質量管理規範並監督實施；擬訂醫療器械生產、經營企業準入條件並監督實施；承擔醫療器械臨床試驗機構資格認定工作；負責組織和管理醫療器械註冊現場核查工作；承擔醫療器械檢測機構資格認定和監督管理；承擔醫療器械生產、經營許可的監督工作；承擔有關指定醫療器械產品出口監管事項；組織開展醫療器械不良事件監測、再評價和淘汰工作；承辦局交辦的其他事項。
7.藥品安全監管司 的主要職責是：擬訂中藥材生產和藥品生產、經營以及醫療機構制劑配制等質量管理規範並監督實施；組織擬訂藥品生產、經營準入條件並監督實施；參與擬訂國家基本藥物目錄；組織實施藥品分類管理制度；承擔醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品和藥品類易制毒化學品等監督管理工作；組織開展麻醉藥品和精神藥品濫用監測工作；承辦履行國際藥物管制公約相關事項；負責藥源性興奮劑生產、經營和進出口的監督管理工作；承擔藥品生產、經營及醫療機構制劑配制等許可的監督工作；承擔藥品委托生產的監督管理工作；指導藥品經營監管和農村藥品監督網、供應網建設工作；組織開展藥品不良反應監測、再評價和淘汰工作；承擔有關指定藥品品種出口監管事項；承辦局交辦的其他事項。
8.稽查局 的工作職責是：擬訂消費環節食品安全和研制、生產、流通、使用環節藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理稽查制度並監督實施；組織開展藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督檢查，依法查處重大違法案件；組織實施相關的稽查抽驗，發布質量公告和抽驗結果；組織對有關突發不良事件的風險評估和產品質量安全突發事件的應急處理；對產品召回進行監督；組織擬訂藥品、醫療器械、保健食品廣告審查辦法和審查標準並監督實施；承擔互聯網藥品信息服務和交易行為的監督工作；承擔中藥材專業市場監管工作；指導和監督地方稽查執法、案件查處、應急處理、產品召回和廣告審批工作；承辦局交辦的其他事項。
9.人事司 的工作職責是：擬訂食品藥品監督管理有關方面的人才發展規劃；承擔局機關和直屬單位的人事管理、幹部監督工作；承擔局機關機構編制和公務員管理工作；承擔直屬單位的機構編制、勞動工資、人事制度改革、專業技術人員管理以及領導班子建設等相關工作；按照有關規定，承擔省（區、市）食品藥品監督管理局領導幹部協助管理工作；指導本系統幹部隊伍建設，擬訂培訓規劃並組織實施；擬訂並完善執業藥師資格準入制度，監督和指導執業藥師註冊工作；承擔本系統全國性的表彰工作；承擔社團管理工作；承辦局交辦的其他事項。
10.國際合作司（港澳臺辦公室） 的主要職責是：組織開展食品藥品監督管理的國際交流與合作；承擔與港澳臺的食品藥品監督管理的交流與合作；組織開展有關食品藥品監督管理國際交流與合作的政策研究和信息分析；負責外事行政管理，擬訂外事行政管理規定並組織實施；組織開展智力引進和出國（境）培訓；負責駐外機構人員管理的相關工作；承辦局交辦的其他事項。
11.直屬機關黨委 的工作職責是：負責局機關及在京直屬單位黨的建設和精神文明建設工作；領導局機關及在京直屬單位黨的紀律檢查工作；領導直屬機關工會、***青團、婦委會依據章程開展工作；承辦局交辦的其他事項。
12.駐局紀檢組監察局
13.離退休幹部局 的工作職責是：貫徹執行黨和國家有關離退休幹部工作的方針和政策，落實離退休幹部的政治待遇和生活待遇，擬訂管理辦法並組織實施；負責局機關離退休幹部的政治學習、文體活動、醫療保健、生活福利等服務保障工作；負責局機關離退休幹部經費的管理和使用；會同有關部門辦理離退休幹部的喪葬和善後事宜；指導直屬單位離退休幹部工作；承辦局交辦的其他事項。