1，名稱不同:個人賬戶余額和健康賬戶余額名稱不同，賬戶也不同。兩者相加就是社保卡可以使用的真實金額；
2、使用範圍不同:健康賬戶余額使用廣泛，藥店也可以使用；個人賬戶余額用途狹窄，只能在醫院門診或住院使用；
3.在使用的靈活性上有區別:雖然健康賬戶余額可以在藥店使用，關鍵時刻也可以在醫院使用，但是個人賬戶余額沒有這種靈活性，在醫院用不完就會浪費；
4.繳費金額有差異:各地社保規定不同，個人賬戶余額和健康賬戶余額也不同，個人賬戶余額個數更多。
健康賬戶有三個主要功能:
1，抵消自己支付的部分醫療費用的功能。健康賬戶建立後，參保人員到定點醫療機構就醫時，可按基本醫療保險規定使用個人醫療賬戶支付醫療費用，同時可使用健康賬戶資金支付門診或住院的起付標準(自付期)和起付標準以上的個人自付比例費用，具體包括基本醫療保險、補充醫療保險的醫療費用和補充醫療保險中個人必須支付的部分。
2、家庭成員之間的互助功能。參保職工可為參加本市職工或城鄉居民基本醫療保險的父母、子女及配偶家庭成員建立家庭醫療網絡，在定點醫療機構支付健康賬戶余額不足或無健康賬戶的家庭成員發生的醫療費用。通過建立家庭醫療救助網絡，統籌使用家庭成員的健康賬戶資金，在定點醫療機構直接使用社保卡，實現互助救助，減輕整個家庭的自付費用負擔。3.購藥和體檢的預防保健作用。用於支付在定點零售藥店購買醫保目錄內藥品、72種醫用耗材和消毒產品的費用；並支付在定點醫療機構體檢的疫苗費用和非公費醫療費用。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十三條。
職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。