消毒是指徹底滅菌，即用物理或化學方法殺死物體上的所有微生物及其病菌和孢子，使物體成為無菌狀態。
常用的消毒滅菌方法
（壹）物理滅菌法 用高潮、射線、微波、器械等進行消毒或滅菌，屬於物理滅菌法。
1、熱力滅菌法利用高潮殺死微生物，稱為熱力滅菌法。熱力滅菌常采用兩個滅菌指標：熱死溫度和熱死率。熱力滅菌經濟有效，簡單易行，是最常用的方法，它可分為濕熱滅菌和幹熱滅菌兩種。
（1）濕熱滅菌是指利用高溫蒸汽殺死微生物。常用的濕熱滅菌方法如下。
A．高壓蒸汽滅菌法 采用高溫、高壓蒸汽滅菌的方法。高壓蒸汽滅菌可殺滅所有微生物，包括細菌芽孢、真菌孢子或休眠體等耐熱個體。滅菌蒸汽的溫度隨蒸汽壓力的增大而升高，蒸汽壓力增大，滅菌時間可大大縮短。因此，它是最有效、應用最廣泛的滅菌方法之壹。
使用高壓蒸汽滅菌時，應註意以下幾點：
a、滅菌鍋內的冷空氣必須排盡。
b、滅菌鍋內的培養基壹定要擺放寬松，使蒸汽暢通無阻。
c、滅菌完畢，應緩慢減壓。
d、註意棉塞防潮。
B．常壓蒸汽滅菌法 利用自然壓力進行蒸汽滅菌的方法。采用常壓蒸汽滅菌時，滅菌鍋內的滅菌物品不能布置得過密，要保證蒸汽能在鍋內均勻循環。循環蒸汽的溫度壹般在 100℃左右，為了殺死耐熱的芽胞，殺菌時間必須延長，壹般為 6-8 小時。這種專用循環蒸汽滅菌竈的最大優點是：容量大、結構簡單、造價低、可自建。缺點是滅菌時間長，能耗大，稍不註意就會出現滅菌不徹底的現象。
C．間歇殺菌法是指在間歇時間內，連續多次消毒以達到殺菌目的的方法。此法適用於不耐高溫（100℃左右）的培養基的滅菌。想殺死培養基的芽胞，可在流動蒸汽中滅菌20-30分鐘，先殺死營養細胞，然後將培養基在室溫或培養箱中培養，使芽孢進入營養液中，再用流動蒸汽滅菌20-30分鐘，殺死新的營養細胞，這樣連續三次，就可殺死培養基中的所有病菌，達到無菌狀態。
（2）幹熱滅菌 利用燃燒或幹熱空氣滅菌，稱為幹熱滅菌。幹熱滅菌主要有兩種。
A．火焰滅菌法即通過火焰高溫燃燒滅菌的方法。
B.幹熱滅菌法即利用加熱的高溫空氣滅菌的方法。
2、輻射殺菌法利用輻射能進行殺菌的方法，稱為輻射殺菌法。生產中的輻射殺菌法主要指這種線殺菌法。
3、過濾殺菌法是利用機械截留的方法除去培養基中的微生物。
（二）化學滅菌法
利用化學藥品滅菌或創造無菌環境，也是非常重要的滅菌手段。許多公演藥物能使細菌蛋白質變性，有的能阻礙微生物的某壹代謝環節。因此，化學藥品可以起到超強的殺菌或抑菌作用。直接加入培養基中可起到殺菌作用，但對培養基成分影響不大，據報道β-丙內酯（BPL）和焦碳酸二乙酯（PKE）有此作用，但應用很少。有些化學物質具有殺菌和抑菌作用，但由於加入培養基後會阻礙香菇菌絲的生長發育，因此不能使用。香菇生產中常用的化學藥劑及其具體用途如下。
1、甲醛殺菌機理是具有較強的還原作用。
2、硫磺及其熏蒸殺菌法
3、乙醇類 乙醇又稱酒精。70-80%的乙醇具有很強的殺菌能力。
4、苯酚及其衍生物 常用的是石碳酸，又稱苯酚，純品為無色或白色針狀、塊狀或三棱形結晶，易溶於水，有特殊氣味。濃縮的石碳酸可使皮膚發白、手指麻痹，並可損傷皮膚和粘膜，對人畜有毒。0.5-1%的石碳酸水溶液作為噴霧劑處理無菌室（箱），可起到除塵和空氣消毒的作用；也可作為3-5%的石碳酸水溶液對器械進行浸泡消毒。在5%的石碳酸水溶液中，如加入0.85-0.9%的食鹽可增加石碳酸的藥效，如加入乙醇，藥效則大打折扣。
5、石灰和堿 石灰分為生石灰（CaO）和熟石灰（Ca（OH）2）兩種。殺菌作用是熟石灰中的氫氧根離子，能水解蛋白質和核酸，使微生物的酶系統和結構受到破壞，並能分解細菌中的糖類。
6、氧化劑和還原劑 高錳酸鉀、過氧化氫、鹵素（氯、溴、碘）及某些化合物（或絡合物），如漂白粉等都是氧化劑，能殺菌。亞硫酸鹽和亞硫酸鹽等屬於還原劑，可通過氧化還原反應起到殺菌作用。
7、重金屬 某些重金屬及其化合物，可破壞微生物蛋白質的合成，還可導致酶失活和細胞結構中主要元素的置換，使微生物的生長受到空虛或導致死亡。
8、表面活性劑 有降低表面張力的物質稱為表面活性劑。常用的肥皂和十二烷基硫酸鈉（如洗衣粉）的殺菌能力相當於石碳酸的2-3倍。
9、氣溶膠滅菌箱