本品不良反應發生率約為3.5%，主要為胃腸道癥狀。
諾氟沙星的主要不良反應有:①惡心、嘔吐、上腹部不適、腹瀉、厭食等消化道反應。②頭暈、頭痛、情緒焦慮、失眠等神經系統反應，此類反應發生率低於消化道反應。(3)皮疹、皮膚瘙癢、血管神經性水腫、輕度皮炎等過敏反應，偶見過敏性休克。④少數患者可出現肌肉疼痛、無力、關節腫痛、心悸等。⑤實驗室檢查可出現壹過性白細胞減少和血清轉氨酶、血尿素氮、肌酐輕度升高，也是可逆的。以上不良反應輕微，大部分患者可以耐受。
但氟喹諾酮類如諾氟沙星偶爾會引起嚴重的不良反應，包括:①意識改變、手足搐搦和癲癇發作。②短暫性幻覺、幻覺和復視。(3)結晶尿，服用大劑量藥物時出現。本品最常見的不良反應為惡心(3.7%)、頭痛(3.3%)、光敏性(2.4%)、頭暈(2.4%)和腹瀉(1.4%)。發生率低於1%的不良反應包括口幹、潮紅、多汗、疲勞、背痛、不適、虛弱、胸痛、寒戰、過敏反應、面部水腫、感冒癥狀、血壓波動、水腫、暈厥、心動過速或心動過緩、心律失常、心外收縮、紫紺、心力衰竭、心絞痛等。嘔吐、脹氣、便秘、消化道炎癥、吞咽困難、消化道出血、耳痛、耳聾、血小板減少或增加、淋巴結病、纖維蛋白溶解增加(引起止血障礙)、口渴、痛風、低血糖、腿痙攣、關節痛、肌痛、視覺異常、結膜炎、眼痛、嗜睡、失眠、緊張、厭食、精神錯亂。女性還可有陰道炎、白帶、月經出血、會陰痛、陰道念珠菌病；男人還有睪丸炎和附睪炎。檢查方面，ALT升高(0.4%)，AST升高(0.3%)，膽紅素升高(0.1%)，堿性磷酸酶升高(0.1%)，單核細胞升高(0.3%)，血沈加快(0.1%)，bun。仍有發生率≤0.1%的情況，如血清γ-谷氨酰轉移酶升高、白蛋白或總蛋白降低、血紅蛋白降低、白細胞減少、嗜酸性粒細胞增多、血小板缺乏、尿比重異常、血清電解質和血糖異常等。