這壹時期，對外貿易的管理權從太宰府轉到了鎮西奉行（鐮倉幕府統治九州地區的官職）手中，民間貿易得到了承認，並有了迅速發展。13世紀初，擁有船員100多人的大船每年約有四五十艘到南宋，史稱 "後人冒鯨濤之險，以舶爐相銜，以售其貨。" 到了13世紀中葉，孤懸江南的南宋，因銅錢大量外流，苦於銅錢短缺，提出了限制商船的要求。幕府同意了這壹要求，並實施了貿易管制制度，將船只數量限制在 5 艘以內，同時幕府還派出壹艘名為 "禦文唐船 "的帝國（幕府）貿易船只直接進入海外市場。許多中國商人來到日本，其中壹些在博多定居，娶妻生子，往來於兩國之間。由於日本國內商業的發展，對貨幣的需求增加，宋錢的輸入十分迫切。清流之亂十年後，京都重臣西園寺公望曾派商船向宋朝皇帝獻上用汴梁制造的房屋，得到了 10 萬貫和其他禮物的回禮。除錢幣外，進口商品還包括江南特產的高檔絲織品（絹、綢、錦）、陶瓷、茶葉、香料、藥品、書籍、文具、繪畫和珍貴木材等。輸出如前，主要有砂金、真珠、水銀、硫磺、寶劍、扇子、工藝美術品等。到了元代，由於元朝征討日本，兩國關系***中斷，但民間仍有貿易往來，幕府對日本商人出海壹直不加限制，元***對日本也采取了開放政策，允許日本商人用金易元錢，還命令沿海所在的司舶司與日本貿易。
入元僧人
鐮倉時代有大量日本僧人來宋元訪問，據統計，入南宋的僧人不下百余人，入元僧人則不止於此。他們大多從明州登陸，遊歷江浙、福建等地的寺廟。他們雲遊時齋戒，夜宿旅店，受到所到之處漢族僧俗的熱情接待。公元1331年入元僧友善始頑遊松江，當時 "水害滔天，吳中禪寺，鐘鼓俱寂，行旅之地，無處安囊"。在這種困境下，寺僧對這位遠道而來的日本僧人友山予以很好的照顧，"苦留過冬"，"視如骨肉"，體現了中國人民對日本人民的感情。入宋入元的僧人，往往在中國壹住就是壹二十年。學習佛教（主要是禪宗）、儒學、中國詩歌和文學、書法、繪畫、建築、印刷和其他藝術。在前往宋朝（公元 1121 年-公元 1206 年）學習佛學的同時，他還研究宋朝的建築模式，回國後參與了東大寺的建設。妙庵榮西（公元 1141-1215 年）曾兩次前往宋朝學習禪宗，還學習了宋朝的建築技術和醫學，並研究了茶葉的養生功效。回國後，他創立了日本臨濟宗（禪宗宗派之壹），建造了禪宗風格（南宋風格）的寺廟，並將中國的建築風格帶到了日本。還有淳範（公元 1166 年 - 公元 1227 年），他於正始元年（公元 1199 年）入宋，在明州景福寺學習禪法。建歷元年（公元 1211 年），他回國後帶回了 2000 多卷佛經、儒書和雜書，為儒學在日本的廣泛傳播做出了巨大貢獻。
圖 蘭溪道隆墓塔
南宋赴日僧人約有十幾人，著名的有蘭溪道隆（公元 1213-1278 年）和無著祖源（公元 1226-1289 年）。道隆在寬元四年（公元 1246 年）到達日本，接受了北條時賴的歸依，為建長寺開山，廣收門徒，結成大黨。他的法號是大覺禪師。1279 年，祖本來到日本，創建了圓覺寺。溢稱為佛光禪師，為無學派。
在入元的僧人中，有許多著名的中國作家和書法家，幸村友明（公元 1290 年-公元 1346 年）和古圓紹元（公元 1294 年-公元 1364 年）是其中的傑出代表。幸村在中國遊歷了 22 年，寫下了 200 多首詩，其中許多都是歌頌兩國人民友誼的。人物 宋元僧侶促進了兩國之間的文化交流。宋元科學和文化的傳入對鐮倉時代日本科學和文化的發展，尤其是對醫學、雕版印刷、建築、陶瓷制造、紡織、中國文學、書法和繪畫的發展具有重要意義。那些被日本僧侶和幕府邀請到日本，後來又在日本圓寂的宋元僧侶，為兩國的友好往來和文化交流做出了重大貢獻。