合作醫療保險的報銷是按照壹定比例進行報銷的，壹般在20-----70%左右浮動。報銷比例和金額與您的檢查和用藥、醫療等級等因素有關。舉例說明，甲類藥品全額報銷，丙類藥品全額報銷，乙類藥品報銷比例為 80%，報銷比例為 20%。
慢性病的報銷：高血壓（心、腦、眼、腎並發癥）、糖尿病（合並並發癥）、腦血管病（壹年內）、精神病、慢性再生障礙性貧血、惡性腫瘤（放療）、垂體瘤（泌乳素瘤）、銀屑病、系統性紅斑狼瘡、重癥肌無力、帕金森病、癲癇、兒童腦癱康復、尿毒癥（門診）、器官移植。透析）、器官移植。
申報條件及程序：
在當地村委會掛號，（縣外或縣內自主選擇公立醫院）需有發票（原件）、出院小結、病情證明、住院費用總清單等憑證，憑證上必須加蓋醫院公章。母親需出示出生醫學證明。補償對象持上述材料和個人身份證、醫療證、戶口本到當地農合辦進行核實、補償。如遺體尚未恢復或行動不便，可委托他人代辦，但須提供患者本人及傷口清晰影像資料（手機視頻或照片）。
有的鄉鎮和縣直相關部門自主便民，支持自動報銷，慢性病患者在縣域內住院報銷程序為：自主選擇縣域內定點醫療機構住院，入院24小時內憑患者身份證、診斷證明、戶口簿到合作醫療定點醫院入院報賬中心報賬，出院時直接報銷。
需要註意的是，慢性病報銷的相關規定可能會存在壹些差異，所以建議大家如果想了解當地 "新農保慢性病如何報銷"，可以向當地村委會咨詢，查看慢性病報銷政策或慢性病報銷業務指南。