飛行檢查最早應用在體育競賽中對興奮劑的檢查，指的是在非比賽期間進行的不事先通知的突擊性興奮劑抽查。 1991年，國際奧委會特別通過了壹項議案，率先在其醫學委員會下成立了賽外檢查委員會。
具有監督管理權限的部門或組織檢查被監督對象，主要目的就是為了了解被監督對象的真實情況，發現其需要改進的問題。可是許多監督管理部門均是預先發通知、定時間、定路線。被檢查單位也是提前作好了各項檔案資料準備，招待盛情周到，最後是雙方皆大歡喜，而監管部門對被監督對象的實際情況則了解甚少，許多存在的問題並沒有發現，也就談不上改進了。這種流於形式的監督檢查，可以說是當前食品藥品安全隱患突出、假冒偽劣產品盛行的重要根源之壹。
飛行檢查是在被檢查單位不知曉的情況下進行的，啟動慎重，行動快，因此可以及時掌握真實情況，做到心中有數。飛行檢查好就好在可以避免某些形式主義的東西，發現被檢查對象的實際情況，及時依法予以查處，避免出現嚴重的社會危害。
為適應藥品安全監管新形勢，保證藥品生產質量，提高監管效果， 2006年，國家食品藥品監管局發布《藥品 GMP飛行檢查暫行規定》，建立了飛行檢查制度，即事先不通知被檢查企業而對其實施快速的現場檢查。飛行檢查有利於監管部門掌握藥品生產企業藥品生產的真實狀況，克服藥品 GMP認證過程中存在的形式主義和檢查走過場的不足，對藥品 GMP認證檢查也起到了監督促進作用。以往的跟蹤檢查由於事先通知被檢查企業，檢查組很難掌握藥品生產企業的即時生產狀況，特別是針對舉報實施的檢查，由於企業有所準備，給現場檢查核實問題帶來困難。采取飛行檢查的形式進行監督檢查，對藥品生產企業起到極大的震撼作用，強化了企業的自律意識和守法自覺性。