按細胞壁特征：革蘭氏陽性和革蘭氏陰性。即 G+ 和 G-
按細菌形態：球菌。芽孢桿菌。螺旋體
在球菌中，還有單球菌。雙球菌。鏈球菌。四球菌。八球菌。葡萄球菌。
桿菌中有球菌。鏈球菌。鏈球菌。雙歧桿菌腸桿菌微小桿菌Corynebacterium等。
螺旋菌還有弧菌。螺旋體。螺旋體
按致病性分，有條件致病菌。致病菌。正常細菌
按莢膜的有無：S型細菌、R型細菌
按有無孢子分：有孢子。無孢子
根據有無性毛：F+型細菌。專性厭氧菌。微厭氧菌。兼性厭氧菌
按營養方式分：化學自養。光自養。異養。孤雌生殖自養型
根據外觀的不同，細菌可分為三類：球菌、桿菌和螺旋體。
（壹）球孢子菌
球孢子菌呈球形或近似球形。球菌可分為雙球菌、鏈球菌和葡萄球菌。
1.雙球菌在壹個平面上分裂，分裂後每兩個菌體成對排列，如肺炎雙球菌。
2.鏈球菌在壹個平面上分裂，分裂後多個菌體連成鏈，如溶血性鏈球菌。
3.四聯球菌 細菌在兩個相互垂直的平面上分裂，分裂後每四個菌體連成壹個田字形，如四聯球菌。
4.八球菌 細菌分裂成三個相互垂直的平面。
5.葡萄球菌 細菌分裂成多個不規則平面，分裂後多個菌體不規則聚集成葡萄串，如金黃色葡萄球菌。
（二）桿菌
桿菌壹般呈圓柱形，也有近卵圓形的。短的桿菌近似球形，稱為球菌，如鮑氏不動桿菌（Borrelia burgdorferi）。有些桿菌的壹端或兩端膨大，稱為棒狀桿菌，如敗血科棒狀桿菌（Corynebacterium septicum）。有些桿菌繁殖形成側枝，稱為分枝桿菌，如結核分枝桿菌。
（三）螺旋體
螺旋體有彎曲的身體，根據身體彎曲度的不同，可分為以下兩類：
1.弧菌 細菌只有壹個彎曲的菌體，呈弧形或逗號形，如霍亂弧菌。
2.螺旋體 細菌的菌體有許多彎曲，如鼠咬熱螺旋體。
細菌在正常適宜的條件下，具有固定的基本形態，並保持相對穩定。當外界環境條件發生變化時，如培養溫度、培養時間、培養基中添加某些化學物質等，都會導致出現形態不規則，甚至出現細胞壁缺陷的細菌。
我不知道這是否就是您要找的分類方法，但我的能力有限。如果妳想知道，比如有那些G-細菌，那麽......。我想世界上最好的微生物學家也無法回答這個問題