根據風險經濟學的原理，避免預防接種不良反應的方法只有減少行為的數量或轉移風險。但無論疾控部門，還是醫療機構，都不能為減少風險而不承擔接種任務。所以，轉移風險是避免預防接種不良反應的惟壹合理途徑，應該盡快建立壹種相應的補償救濟機制，以減少預防接種不良反應帶來的損失。補償救濟機制應涵蓋的內容世界上已有很多國家建立了不同形式的預防接種不良反應補償救濟渠道。如日本的《藥品受害救濟、研究開發、產品評審組織法》，規定多方募集捐款成立基金會，對受損害的被接種人給以補償，同時推廣新產品的研發。美國出臺《國家兒童疫苗傷害法》，確立疫苗安全及被接種人基金補償形式等。
結合我國國情，建議借鑒世界先進做法，建立"預防接種不良反應研發和救濟基金",保護被接種人群的合法權益，同時促進疫苗新產品的研發。補償救濟機制應涵蓋的內容主要有：明確救濟給付的條件救濟給付應符合：(1)疫苗須經行政管理部門審批並合法登記。(2)無接種過失或明顯缺陷。(3)疫苗生產及經營企業、疾病控制機構或醫療機構、醫師都無法律責任。(4)不良反應損害須達到壹定嚴重程度。
明確救濟補償的範圍預防接種不良反應救濟制度，應重在迅速補償損害，降低無過錯當事人的經濟損失和風險。我國在設定救濟補償範圍時，應考慮與民事賠償制度的聯系與區別，符合我國的經濟現狀，如著重補償因生命及健康導致財產的重大損失，其範圍應包括醫藥費、殘障生活補助、撫養金、喪葬費等。救濟給付額應按照殘障程度等級分別計算、給付等。
合理籌集救濟資金合理籌集救濟資金主要依靠企業，這也是國外通行的做法。如補償基金的主要來源，壹是疫苗生產商或進口商的藥品保險費。經過核準登記的疫苗生產企業或進口商，按實際銷售額的壹定比例計算，逐年支付。如果前壹年發生預防接種不良反應，第二年增加支付額。這種做法需考慮企業的承受能力，也應防止其因基金損失而降低對藥品質量的註意。二是依靠政府補助及社會捐助。因為，基金運作具有社會公益目的，社會各方都應給予壹定的資助。
明確申請救濟給付及管理程序我國預防接種不良反應研發和救濟基金可由政府與企業***同管理，同時設立相應的技術鑒定專家組織。申請救濟的給付，應嚴格按照申請、技術鑒定、審核等程序進行。當然，被接種人也可以另行請求司法救濟。