擬定全省衛生事業發展規劃，指導區域衛生規劃工作，規劃協調全省衛生資源配置；
擬定衛生經濟政策和衛生財務管理規章制度；
承擔全省衛生貸款項目管理工作；指導相關預算管理單位的財務、基本建設、政府采購工作；監督國有資產管理工作；擬訂藥品和醫療器械采購相關規範；提出省級醫療服務價格的政策建議；承擔衛生統計與信息工作；承擔衛生對口支援工作；指導基層衛生體系建設。 擬定婦幼衛生和提高出生人口素質工作的發展規劃、政策措施和技術標準；
監督母嬰保健專項技術的實施；統籌協調健康教育工作。
擬定社區衛生服務的發展規劃和服務標準，指導初級衛生保健規劃的實施；
研究指導城市基層衛生服務體系的改革；
醫政處
擬定醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織、指導實施；承擔實施執業醫師、護士執業資格制度的有關工作；指導醫院藥事、醫院感染控制、醫療急救體系建設等有關工作；擬訂醫療機構醫療服務監管辦法、方案；建立全省醫療機構醫療質量評估和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評估等工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗工作。 擬訂疾病預防控制和愛國衛生運動方面的政策；擬訂全省重大疾病及公***衛生相關疾病的防治規劃、全省免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系；
承擔實施突發公***事件的疾病預防工作；承擔法定報告傳染病疫情信息的有關工作；承擔地方病防治、愛國衛生運動的有關工作。 擬訂全省醫藥衛生科技發展規劃；組織實施全省重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生技術推廣和科學普及工作；承擔衛生行業重點學科、重點實驗室建設的有關工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織、指導衛生專業技術崗位培訓工作；參與擬訂醫學教育發展規劃，承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；
開展政府及民間醫療衛生對外交流、合作與援助工作。 開展政府及民間醫療衛生對外交流、合作與援助工作。 壹監督檢查衛生廳及衛生系統貫徹執行黨的路線方針政策和決議，遵守國家法律、法規，執行省委、省政府決定、命令的情況。
二監督檢查衛生廳黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律，貫徹執行民主集中制，選拔任用領導幹部，貫徹落實黨風廉政建設責任制和廉政勤政的情況。
三經批準，初步核實衛生廳黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的問題；參與調查衛生廳黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；調查衛生廳處級幹部違反黨紀政紀的案件及其他重要案件。
四協助衛生廳黨組和行政領導班子組織協調衛生廳及衛生系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。
五受理對衛生廳黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，受理衛生廳黨員和行政監察對象不服處分的申訴。
六承辦省紀委、省監察廳交辦的其他事項。 山東省醫務工會工作委員會（簡稱醫務工會），正處級參照公務員法管理事業單位，省屬產業工會，受衛生廳黨組和省總工會的雙重領導，負責全省衛生系統和衛生廳直屬單位的工會工作，承擔指導行業、領導直屬、兼管機關三重工會職能，指導各基層醫療衛生單位的工會組織建設、職代會制度、職工民主管理、院務公開、勞模管理、困難職工幫扶以及女工工作和職工活動等，工作重點是依法維護廣大職工合法權益。