運動神經元病的治療包括病因治療、對癥治療和各種非藥物治療。目前治療的發展方向包括抗興奮性氨基酸毒性、神經營養因子、抗氧化和自由基清除、新壹代鈣通道阻滯劑、抗雕亡、基因治療和神經幹細胞移植，但仍無有效治療，目前以壹般和對癥支持為主。確保充足的營養，改善壹般狀況；肌肉痙攣可用地西泮、氯唑沙宗和巴氯芬治療。預防和治療肺部感染；呼吸困難時進行氣管切開術；吞咽困難時，給予胃管鼻飼；針灸、按摩、理療和被動運動也可用於改善肢體狀況，防止關節固定和肢體攣縮。
1.抗興奮性氨基酸毒性療法
興奮性氨基酸毒性理論認為肌萎縮側索硬化患者存在高親和力谷氨酸轉運障礙。
2.清除自由基
自由基理論是基於從家族性ALS患者中分離的編碼Cu/Zn超氧化物歧化酶1的基因。建議使用大劑量維生素，即每天補充維生素E 800-1000mg、維生素C 500mg、維生素A 1000U、維生素B1片。乙酰半胱氨酸是自由基清除劑，也是細胞內主要抗氧離子系統谷胱甘肽的直接和間接前體。經過1年的治療，以脊髓為首發癥狀的MND死亡率下降。
3.免疫療法
免疫治療的效果不確定。高劑量環磷酰胺治療沒有改變ALS的病程，這意味著抑制T細胞非依賴性B細胞反應對防止ALS進展不利。ALS只有早期治療才有效。
4.神經保護療法
營養療法是壹種保護性療法。如果臨床應用兩種或兩種以上的神經營養因子，可能會有顯著療效。
5.幹細胞移植療法
發現將神經幹細胞直接移植到成年大鼠脊髓損傷部位，可以明顯減輕脊髓損傷引起的神經功能缺損。然而，它對MND的治療是否有效目前還處於實驗階段。
6.溴隱亭用於治療ALS。部分患者近期有壹定療效。只要增量慢，壹般不會有嚴重的不良反應。在ALS的情況下，可以試用。