第壹，部門不同。
具有職稱的藥師屬於衛生系統，是藥學專業職稱系列之壹，主要出現在用藥過程中，服務於醫療機構。執業藥師屬於藥監系統，有執業資格，沒有等級之分。它們主要出現在藥品流通領域，服務於藥店和藥品批發企業。
第二，報名和考試時間不壹樣。
具有專業技術職稱的藥師報名和考試時間全國統壹。各地執業藥師報名時間不壹，集中在7-8月。網上報名在中國人事考試網進行，考試時間大概在10的6月中下旬。
第三，績效管理不同
具有職稱的藥師:初級、中級衛生專業技術資格考試各專業、各科目合格標準為60分(各科目試卷滿分為100分)。考試以兩年為壹個周期，參加所有科目考試的人員必須在連續兩個考試年度內通過所有科目的考試。
執業藥師:各科合格標準預計72分(各科滿分120分)。考試以四年為壹個周期，參加所有科目考試的人員必須在連續四個考試年度內通過所有科目的考試。部分科目免試者，須在連續兩個考試年度內通過考試科目。
藥師職稱考試要求:
壹、參加藥師資格考試
取得藥學專業中專學歷，從事藥師工作滿5年；取得藥學專業大學專科學歷，從事本專業技術工作滿3年；取得藥學專業大學本科學歷或碩士學位，從事本專業技術工作滿1年。
二、參加中級資格考試
取得藥學專業中專學歷，從事藥師工作滿7年；取得藥學專業大學專科學歷，從事藥師工作滿6年；取得藥學專業本科學歷，從事藥師工作滿4年；取得藥學碩士學位，受聘擔任藥師職務滿2年；獲得藥學博士學位。