1997年8月，蘇州工業園區唯亭海關監管點成立，成為全國首批三家直通式陸路口岸之壹。2000年4月，園區成立了出口加工區A區。2002年，蘇州工業園區試行“SZV快速通關模式”，將上海的國際機場延伸到了蘇州，大大縮短了物流時間，使園區擁有了“虛擬空港”。2007年蘇州工業園區開始實行SZV返程，以“空陸聯程”和“陸空聯運”兩種模式為企業服務。蘇州工業園區還與太倉港、洋山港進行區港聯動，形成了“虛擬海港”。“虛擬空港”和“虛擬海港”的創新徹底解決了園區沒有實體海空港的問題。
2004年，海關總署先後批準在園區設立出口加工區B區和進行全國首家“海關保稅物流中心（B型）”試點，海關保稅物流中心（B型）的監管模式解決了加工貿易產業鏈上下遊全國間的產品流轉問題，結束了相鄰企業產品必須“香港壹日遊”的局面。同時，也為園區物流業開展VMI（供應商管理庫存模式）和DC（進出口分銷模式）提供了可能。目前，園區保稅物流的業務輻射全國23個省市，服務於區內外2000多家生產企業。
2006年12月17日，國務院正式批準同意在蘇州工業園區設立“綜合保稅區”，開展具有保稅港區綜合保稅功能的海關特殊監管區域試點。
2007年8月28日，蘇州工業園綜合保稅區通過了海關總署等國家九部委的聯合驗收並封關運作。根據國務院批復，蘇州工業園綜合保稅區“有關稅收、外匯政策將按照《國務院關於設立洋山保稅港區的批復》的有關規定執行。海關比照保稅港區的監管辦法對其實施監管”。這意味著綜合保稅區除享受“國外貨物入區保稅、國內貨物入區退稅、區內交易免稅”的政策外，還適用各項保稅港區的優惠政策，可以充分發揮區位和政策優勢，拓展相關功能。目前，綜合保稅區內可以從事的業務包括：存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物；對外貿易，包括國際轉口貿易；國際采購、分銷和配送；國際中轉；檢測和售後服務維修；商品展示；研發、加工、制造；港口作業；經海關批準的其他業務。